村民自治是社会主义民主在农村的实践形式，是农民实现民主权利的保证，是农村治理形式的历史性变革，同时也改变了农村基层组织运行的条件，对农村基层组织的建设和运行提出了新的要求和挑战。农村基层组织建设是党领导农村工作的重要方面，同时也是党的组织工作的重要组成部分，直接关系到党的政策路线和工作任务在农村的贯彻和落实，直接关系到党的领导核心地位以及农村的政治稳定与经济社会发展。村民自治条件下的农村基层组织的内涵、组织结构与运行机制等都更为丰富和多元化，面临着诸多新挑战、新要求，因此农村基层组织的整体运行就难免会出现新的矛盾和问题，这些新出现的矛盾与问题，不仅影响着村党组织的核心领导作用的有效发挥，阻碍农村新、旧基层组织的相容与和谐发展，更是对农村基层组织的整体良性运行提出了亟待解决的难题。如何妥善解决这些问题、促进农村基层组织的良性运行，不仅是一个理论层面的问题，也是一个关系农村社会稳定发展的现实问题。本文从农村基层组织的运行现状出发，阐述了农村基层组织运行机制，当前农村基层组织运行中存在的主要问题，着重从加强村级党组织领导核心建设、协调两委关系与乡村关系，以及建立健全村民代表会议制度、监督制度等民主制度为切入点，探讨村民自治条件下农村基层组织的建设与良性发展的途径与对策。本文共分为三个部分。第一部分，主要分析和阐述了农村基层组织的概况与基本概念性问题。主要分析和论述了村民自治条件下，我国农村基层组织的含义、特点、组织结构和运行机制。重点分析了农村各具体基层组织间的运行机制，以及农村基层民主决策、民主管理与民主监督机制的运行状况。第二部分，主要探讨了当前农村基层组织运行中存在的主要问题的现实表现与原因分析。首先阐述了农村基层组织的内部运行情况与外部运行环境，重点分析农村基层组织建设与运行中遇到的主要问题与挑战，并有针对性地提出了产生问题的主要原因。第三部分，尝试探讨了农村基层组织良性运行的可行性建议与对策，该部分也是本文的写作重点与难点。因为提出的对策的可行性和实效性是必须通过实践验证的。在这一部分中首先提出了农村基层组织运行应坚持的原则，然后针对几个影响全局的重要组织的自身发展、相互关系展开了深入的讨论，最后提出要关注村级组织作用的有效发挥，对于提高农村基层组织整体水平的重要作用。