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海洋渔业资源衰退现已成为受全球重视的生态问题,过渡捕捞、环境污染以及栖息地遭到破坏是造成渔业资源衰退的主要原因。为了补充自然资源量、修复已经受损的渔业资源、使物种维持可持续生长状态,同时为了满足市场需求,增加捕捞量,人们开始向自然水域投放通过人工繁育得到的鱼虾蟹贝等的苗种或成体,使自然水域内的种质资源量得到补充,即进行渔业资源增殖放流工程。随着放流技术的不断发展,增殖放流对自然水域内的种质资源恢复与增殖起到了积极的作用,在国内外渔业资源增殖与养护中得到广泛应用。长毛对虾（Penaeus penicillatus）早在20世纪80年代就作为我国重要增殖放流种类,随着人工繁育技术的发展,长毛对虾的放流逐渐增加。对增殖放流效果进行评估是增殖放流工程中必不可少的环节,增殖率一般通过对标志放流个体进行回捕之后统计回捕比例进行计算。随着分子生物学的发展,分子标记技术在增殖放流中得到广泛应用,运用分子标记不仅可以鉴定群体的亲缘关系,对放流群体的回捕比例进行计算,同时可以对物种的遗传多样性进行评价。本研究基于分子标记技术对长毛对虾的增殖放流效果进行评估,主要研究结果如下:对长毛对虾微卫星标记进行开发。本研究使用第二代高通量测序技术对长毛对虾的转录组进行测定,通过de novo组装方法构建出长毛对虾转录组的参考序列,组装后共得到36675条组装后的reads,通过搜索在6337条序列上共发现了9222个微卫星位点。通过设计微卫星引物,并验证引物扩增效率以及多态性,成功开发出11对可用于增殖放流效果评估以及遗传学研究的微卫星分子标记。基于分子标记的长毛对虾增殖放流效果评价。本研究对放流后的长毛对虾逐月进行回捕,使用9对微卫星标记对长毛对虾增殖放流效果进行评价,结果显示在回捕的517尾长毛对虾中,有202尾对虾被识别为放流个体,占回捕总数的39.07%,基于对放流群体与野生群体的头胸甲长分析,两者不存在显著性差异（P>0.05）。长毛对虾增殖放流遗传多样性影响研究。本研究对比了放流前后增殖海域内长毛对虾群体的遗传多样性,结果显示放流前后增殖海域内自然群体的遗传多样性水平没有发生明显的变化（HE=0.743和0.790;PIC=0.708和0.762）;放流前后自然群体的遗传分化指数为FST=0.0149（P<0.05）,没有显示出明显的遗传分化水平。研究表明,长毛对虾增殖放流未对增殖海域内自然群体造成明显的遗传学影响。