从2003年开始我国开展了以解决农牧民“看病贵、看病难”问题为目标的新型农村合作医疗试点工作，这工作的开展标志着我国8亿多农牧民脱离“自费医疗”的自我医疗保障模式，新型农村合作医疗制度在很大程度上缓解了广大农牧民沉重的医疗费用负担和经济负担，给广大农牧民带来了实实在在的好处。新疆是一个经济发展比较慢、农村和城市之间的收入差距较明显的少数民族集中居住的地区，农村社会保障与全国的总体水平相比差距也很大，尤其是南疆，经济落后、贫困面大、农牧民收入低、社会保障覆盖率偏低，这些都阻碍了新型农村合作医疗制度的平稳，有效运行。2003年新疆实施新型农村合作医疗制度以来，取得了一系列成就，但还是存在管理能力不足、使用基金的法律监督机制不健全、对定点医疗机构医疗服务行为监管不足、缺乏法律救济途径、有效保障参加新型农村合作医疗的农牧民的合法权益的难度大等问题，为解决这些问题我们要加强对新疆新型农村合作医疗制度实施的研究力度，探索出一条与新疆实际情况相适应的新型农村合作医疗制度发展道路。本文分析我国新型农村合作医疗制度的发展状况，分析了新疆新型农村合作医疗制度的历史沿革和现状、从法律角度透视了新疆新型农村合作医疗制度实施中存在的法律问题，并提出了完善对策。