背景近年来,免疫检查点抑制剂（Immune checkpoint inhibitors,ICIs）成为治疗晚期非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）患者的重要策略。肿瘤新抗原作为重要的生物标志物和潜在的免疫治疗靶点,在NSCLC患者的治疗和预后等方面发挥着重要作用。方法1.对入组患者组织学标本进行全外显子测序（Whole exome sequencing,WES）,并利用Neopipe软件预测候选新抗原和候选新抗原表位;分析候选新抗原和候选新抗原表位与临床病理特征之间的关系;分析与候选新抗原和候选新抗原表位与基因突变特征之间的关系;2.对入组患者组织学标本进行数据非依赖采集（Data Independent Acquisition,DIA）质谱检测,筛选出富集在免疫相关功能和/或通路的差异蛋白,并与候选新抗原进行相关性分析;探索性分析质谱检测结果是否可以验证基于WES预测的候选新抗原。结果1.2019年6月至2019年9月期间在北京协和医院接受手术切除治疗的NSCLC患者中,排除病例资料不全和组织样本不足者,对其中28例患者进行了 WES和DIA质谱检测;WES共鉴定出6920个非同义体突变,通过对主要组织相容复合物（major histocompatibility complex,MHC）I类分子结合力的预测和基因表达量的分析,使用Neopipe软件对新抗原表位和新抗原进行了预测,最终共预测出候选新抗原表位7912个,候选新抗原2942个。①在有肿瘤家族史、鳞癌和肿瘤最长径大的患者中候选新抗原更多;②新抗原和肿瘤突变负荷（tumor mu tation burden,TMB）、非同义单核苷酸变异（single nucleotide variation,SNV）、非同义插入突变、碱基颠换（A>C/C>A、T>G/G>T、C>G/G>C）呈正相关,而和碱基转换（A>G/G>A和C>T/T>C）呈负相关;存在剪接位点变异的患者新抗原数更多。与所有基因相比,新抗原突变种类较少;与低肿瘤新抗原负荷（tumor neoantigen burden,TNB）基因相比,高TNB基因突变种类更多,同时突变频率更高。2.在28例患者中,DIA质谱检测共鉴定出差异蛋白1920个,其中上调蛋白1197个,下调蛋白723个;①对差异蛋白进行富集后发现只有下调蛋白富集在了 39个免疫相关的功能条目,其中富集最明显的两个功能是体液免疫应答（45个蛋白富集）和补体激活（28个蛋白富集）,富集在这两个功能的蛋白中有18个蛋白与新抗原呈正相关;其中蛋白P02671和新抗原相关性最强（相关系数=0.618,P<0.01）,同时和其它蛋白交互作用也最强;②通过将DIA肽段映射至人参考基因组,定位到新抗原相关突变位点置换碱基后进行翻译,再与原肽段进行比较;得出的一致肽段再和新抗原设计过程中核心肽段进行匹配后,并未验证到候选新抗原表位。结论1.在有肿瘤家族史、鳞癌和肿瘤最长径大的患者中候选新抗原更多;除突变数量外,突变质量也对新抗原有影响,存在非同义SNV、非同义插入突变、剪接位点变异和碱基颠换类型的患者中候选新抗原更多。2.肿瘤差异表达蛋白中只有下调蛋白富集在免疫相关的功能条目,其中富集最显著的是体液免疫应答,富集蛋白中有18/45个蛋白与候选新抗原数目呈正相关;DIA质谱检测未验证到基于WES预测的新抗原表位。