瞿昙寺是我国西北地区迄今保存最完整的一组明代建筑群寺庙，由于此建筑风格与北京故宫相像，誉有“西北的小故宫”之称，当地也有句民谚说:“到了瞿昙寺,北京再嫑去！”这说明了瞿昙寺的建筑风格与内地建筑艺术上的渊源关系和明朝中央政府为完成统一大业，在广大藏族地区，利用藏传佛教的影响在藏族地区为其统治服务的具体表现。从明王朝的开国皇帝朱元璋，至永乐、洪熙、宣德等以后几代皇帝都对瞿昙寺的关心备至，厚加赏赐。由于明朝建立初期，蒙元势力尽管退出了中原地区,但它并没有彻底垮台,仍保持有强大的军事力量和较强的政治号召力,时时对刚刚建立起来的明王朝构成威胁。来自西藏的高僧桑吉扎西(又称:三罗喇嘛)作为佛教僧人,担当了出使藏族部落首领的艰巨任务,以其佛教高僧的影响力和高尚的人格魅力,在错综复杂的政治漩涡中力挽狂澜，成功说服罕东诸部归顺朝廷和藏族部落内附,加速了腐败的元王朝的覆灭和国家的统一进程,为国家的统一和民族团结作出了贡献。明朝中央政府按照“多封众建，尚用僧徒”施边政策，明太祖朱元璋为奖励和肯定三罗喇嘛的政治功绩，为其主持修建的寺院赐名为“瞿昙寺”,成为名符其实的皇家寺院。瞿昙寺的敕建也是卓仓藏族的正式形成，三罗喇嘛的佛寺赐名瞿昙寺后，明廷即划拨寺院附近七条沟为侍奉寺院的香火地，卓仓藏族与汉、土、回、蒙等民族共同开发着乐都南山地区，为我国的民族团结、边疆巩固和当地的经济、文化的发展奠定了基础。研究瞿昙寺的历史沿革是为了解明清时期中央对少数民族的施政、管理和中央与地方的关系，国家统一和民族团结具有很高的历史意义；随着我国改革开放的不断深入和旅游业的大力发展，瞿昙寺作为明代的古建筑为发展当地旅游业，乃至拉动西北地区的旅游业大发展有着重要的作用。