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目的:运用蛋白质组和生物信息学研究技术,结合生物质谱技术,对小鼠肝癌细胞H22与正常肝细胞的疏水性蛋白质组与水溶性蛋白质组进行比较研究,分析鉴定其差异表达的蛋白质,确定疏水性蛋白质在小鼠肝癌细胞H22中的表达变化,为进一步探索疏水性蛋白质(包括膜蛋白)在肿瘤细胞发生发展及侵袭转移过程中的作用和地位奠定基础。方法:小鼠肝癌细胞H22按常规方法进行培养,正常小鼠肝细胞以组织块贴壁法培养作为对照组实验材料。小鼠肝癌细胞H22培养至指数生长期后,与对照组肝细胞分别以两种不同的方法进行细胞裂解。第一种为常规的细胞裂解法(裂解液由8 mol/L尿素,1% TBP,4% CHAPS,0.2% Bio-Lyte组成),获得肝癌细胞和肝细胞的水溶性蛋白质。第二种为改良的分步提取裂解法,即以冻融法结合强增溶裂解液(由7mol/L尿素,2 mol/L硫脲,50mmol/L DTT, 4% CHAPS,0.2% Bio-Lyte组成)裂解细胞并分步提取,获得肝癌细胞及肝细胞的疏水性蛋白质。Bradford法测定蛋白质含量,双向电泳分离蛋白质。第一向采用pH 4-7的固相pH梯度(IPG)等电聚焦,第二向采用浓度为10%的十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳。银染并经凝胶成像系统采集获得双向电泳图谱,根据IPG胶条的pI线性梯度和标准分子量Marker,确定蛋白质斑点的pI和MW,用PDQuest 2D分析软件对实验组和对照组的蛋白质电泳图谱进行差异分析,初步筛选出13个具有差异表达的蛋白质。切取蛋白质斑点,应用基质辅助激光解吸附飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)进行检测,获得各蛋白质的肽指纹图谱,结合2-DE图谱中各蛋白质点的pI和MW值,利用Aldente软件进行匹配检索Swiss-Prot数据库,鉴定小鼠肝癌细胞株H22差异表达的疏水性蛋白质。结果:①应用改良的分步提取裂解法所获得的小鼠肝癌细胞H22及正常小鼠肝细胞蛋白质组双向电泳图谱与常规裂解法所获得的双向电泳图谱相比较存在明显差异。②利用质谱技术和生物信息学技术,鉴定了13个与小鼠肝癌细胞H22相关的疏水性蛋白质,其中5个为膜蛋白,其余7个为胞浆或胞核难溶性蛋白。这些蛋白质的生理功能涉及细胞代谢、细胞增殖、细胞信号转导、细胞骨架等。结论:①改良的分步提取裂解法能够从小鼠肝细胞及肝癌细胞中成功分离提取疏水性蛋白质。②应用比较蛋白质组学的研究方法确定了13个与小鼠肝癌细胞H22相关的差异表达的疏水性蛋白质,对进一步探索肿瘤发生发展相关蛋白具有重大意义。