子宫腺肌病在位内膜长链非编码RNA和信使RNA差异表达研究

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:X5203344
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景及目的子宫腺肌病是女性常见疾病,主要临床表现为不同程度的继发性进行性痛经、异常子宫出血,可能导致不孕不育和早期流产等,严重影响女性的身心健康和生活质量。至今为止其发病机制仍不清楚。目前关于其发病机制存在多种学说,最广为接受的学说认为子宫内膜内陷于子宫肌层并异位增殖导致该病的发生。研究发现,该病的在位内膜存在多种异常,涉及遗传、激素、免疫和代谢等多个方面。但是编码基因相关的研究较为零散,通过组学的方法系统筛选该病在位内膜编码基因的改变有助于揭示该病的发生机制。除了编码基因的改变以外,也存在表观遗传的异常变化。lncRNAs作为功能调节元件在基因表达调控中发挥重要的作用,并参与多种重要信号通路的调节。其异常表达与多种良恶性疾病相关。lncRNAs在子宫腺肌病发生发展中的作用尚无研究报道。本研究的目的为:1. 构建子宫腺肌病在位内膜与对照内膜lncRNAs和nRNAs的差异表达谱;2. 对lncRNA和mRNA的功能进行生物学信息分析,以探讨其可能的调控机制并得出潜在的核心调节基因;3. 对部分潜在核心调节基因的表达水平进行检测,为后续功能实验提供研究基础。研究方法1. 利用基因芯片技术检测子宫腺肌病在位内膜和对照内膜组织中lncRNAs和mRNAs的表达,构建lncRNAs和mRNAs差异表达谱(其中两组的样本量分别为4例)。2. 利用实时荧光定量PCR技术验证芯片结果中部分差异表达IncRNAs(共6个),以进一步验证基因芯片实验结果。3. 利用生物信息学手段对差异表达的lncRNAs和mRNAs进行分析。3.1 GO分析:对芯片结果中差异mRNAs进行显著性功能分析,得到差异基因参与的具有显著性、低误判率、靶向性的功能。3.2 Pathway分析:将差异nRNAs进行Pathway显著性分析,得到差异基因参与的具有显著性、低误判率、靶向性的Pathway。3.3构建共表达网络:通过实验组与对照组比较得到的差异mRNAs、差异lncRNAs在芯片中的实测表达值,分别构建实验组与对照组的共表达网络,通过比较共表达网络上的差异来定位两组样本中的潜在核心调节基因。4. 利用实时荧光定量PCR和免疫组化法检测部分潜在核心调节基因——TLN1和CCND2在子宫腺肌病在位内膜中的表达。研究结果1. 子宫腺肌病在位内膜与对照内膜相比,存在165个差异表达lncRNAs和61 2个差异表达mRNAs。在差异表达的lncRNAs中有117个lncRNAs表达下调和48个lncRNAs表达上调。其中下调最明显的lncRNA为n333955(差异倍数为:0.0032),上调最明显的lncRNA为n342839(差异倍数为4.13)。在差异表达的mRNAs中,下调的nRNAs,总数为414个,上调的mRNAs总数198个。其中下调最明显的mRNA为HBA1(差异倍数为:0.02),上调最明显的mRNA为THBS2(差异倍数为5.14)。2. 选择6个lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证,结果显示n333955、n337373、n338909这3个lncRNAs在子宫腺肌病在位内膜组织中表达水平下降,而n341651、n342794、n387706表达水平升高,差异均具有统计学意义,与芯片检测的表达趋势相符。3. 生物学信息分析结果:3.1通过显著靶向性GO分析,得出上调差异基因参与的显著性功能共352项,包括:细胞外基质组成、内皮细胞分化、细胞内信号转导、细胞迁移的正调控、血管生成等。下调差异基因参与的显著性功能共283项,包括:基因表达、DNA复制、细胞分裂、有丝分裂细胞周期的G1/S期过渡、免疫反应等。3.2通过显著性Pathway分析,得到上调差异基因参与的显著性信号转导通路共40项,包括MAPK信号通路、局部粘附、粘附连接、细胞外基质受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等。下调差异基因参与的显著性信号转导通路共39项,包括:DNA复制、细胞周期、原发性免疫缺陷、细胞因子、细胞因子受体相互作用等。3.3分别构建了两组样本的共表达网络,两张共表达网络的结构存在明显差别。根据基因在两个网络中共表达地位的变化情况,筛选出对样本差异起重要作用的关键mRNAs/lncRNAs,包括TLN1、n342794、MYBL1、CCND2、 ENST00000406939、n338909等4. 实时荧光定量PCR和免疫组化结果显示,TLN1基因和蛋白在子宫腺肌病在位内膜组织中的表达明显高于对照内膜组织;CCND2基因和蛋白在子宫腺肌病在位内膜组织中的表达明显低于对照内膜组织,差异均具有统计学意义。研究结论1. 首次通过芯片检测成功构建子宫腺肌病在位内膜与对照内膜lncRNAs和mRNAs的差异表达谱。2. 实时荧光定量PCR结果与芯片结果有很好的一致性,进一步验证芯片结果的可信度。3. 通过生物信息学分析可初步探讨差异mRNAs和lncRNAs在子宫腺肌病发生过程中可能的调控作用。4. 潜在核心调节基因TLN1和CCND2基因和蛋白在子宫腺肌病在位内膜组织中表达异常。
其他文献
恶性肿瘤已经成为我国最主要的死亡原因和非常重要的公共健康问题,2015年的癌症预计发病人数和死亡人数分别为429.2万和281.4万,即每天约有1.2万人新患癌症和7500人死于癌症
目的观察五行情志护理法对直肠癌患者术前焦虑的调节效果。方法采用焦虑自评量表(SAS)标准分大于50分,对术前焦虑88例患者随机分为实验组44例和对照组44例,对实验组实施五行情
宫颈癌是妇科最常见恶性肿瘤之一,HPV感染及与肿瘤生长相关的基因在宫颈癌进展中有重要作用。我们的前期研究首次通过RNA-Seq技术,检测宫颈鳞癌与癌旁组织的差异基因,经验证
研究目的:体外设计并合成靶向于人ARID1A基因的siRNA,转染人卵巢透明细胞癌ES2细胞,筛选出下调ARID1A表达的有效片段,研究ARID1A基因沉默对顺铂敏感性的影响,探讨可能涉及的分
水害事故经常在煤矿发生,它具有一定的突发性,并且会造成不可挽回的经济损失,也对正在施工的工作人员造成了安全威胁,严重地阻碍了矿区正常的生产进度。所以,加强矿区地质的
经济生产中的所有领域均需要机械设备,特别是生产类型的设备,在实际生产阶段对机械设备提出了较高的要求,而传统人工操作已经无法满足现代社会所需.因此,研究机械设备制造中
现有大多数呼吸器(BA)都可提供基础框架,供更多选择的可扩展模块,比如电源监控、遥测器和外接气源转接器。1来自法国的新式呼吸器最新消息,兼具高舒适度和安全度的X-PRO自给
目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶16(CDK16)在卵巢浆液性癌细胞中的表达情况及其对卵巢癌细胞增殖和侵袭能力的作用。方法:应用qRT-PCR方法检测卵巢浆液性癌细胞株(SK-OV-3,O
手术室是医院的重要医疗资源,往往也是影响医院进一步发展、提高运行效率的瓶颈。手术室工作涉及的人员、科室多,手术室工作效率往往是多种因素的综合结果。其中,手术患者的