我国大豆细胞质雄性不育研究始于上世纪80年代,经过育种家的不断努力,利用“三系”法已育成大豆杂交种18个,并在生产上推广应用,使我国在该领域处于世界领先水平。在杂交大豆产业化过程中,仍存在一些问题亟待解决。不育细胞质的匮乏和细胞质雄性不育机理研究的缓慢,使杂交大豆生产中的一些关键问题无法突破,严重制约了杂交大豆产业化的发展。因此,加速不育基因的克隆,解析不育机理,就显得非常重要。本研究首次利用cDNA-AFLP分子标记开展大豆RN型细胞质雄性不育系及其同型保持系间差异表达的研究,所用实验材料为连续回交10代同核异质的不育系JLCMS9A及其保持系JLCMS9B。利用64对引物分析不育系及保持系花苞中基因差异表达情况,并对差异条带进行回收和测序,结合生物信息学方法对差异表达基因进行分析,为大豆RN型细胞质雄性不育分子机理研究奠定了理论基础。主要结果如下:1.本研究优化了cDNA-AFLP分子标记技术中模板制备、预扩增、选择性扩增及电泳检测等操作程序,开发了一套适合于大豆细胞质雄性不育基因差异表达分析的完整体系。2.利用不育系和保持系花苞的cDNA作为模板进行扩增,共得到了12条差异表达的片段,其中在不育系中特异表达的条带8条,在保持系中特异表达的条带4条,经测序和同源性比较,发现都能在Genbank中比对到同源性较高的基因,其中,有8条片段与已知功能的基因同源,4条与未知功能的基因同源。3.对8个与已知功能基因同源的序列分析表明,其功能涉及减数分裂、ATP合成和蛋白修饰等相关过程。不育系中特异表达的片段A1,与编码ATP合成酶γ亚基蛋白的基因同源;片段B1与拟南芥Asy1同源,在保持系中特异表达。上述2个基因被证明其与ATP合成及细胞减数分裂有关,都可影响花粉的生长及发育。因此,预测片段A1和B1可能与大豆不育基因相关或在育性调控过程中发挥作用。另外,还发现1个在不育系中特异表达的片段A4,其位于线粒体上,但功能未知,推测此片段可能也与不育相关。