随着我国城镇化的持续推进以及金融开放程度的不断加深,农村地区的金融需求结构已经发生了较大改变,传统的农村信用社等农村金融机构己无法满足现代农村经济发展的金融需求,推动传统农村金融机构的改革己成迫切需求。农村商业银行作为我国现代农村金融体系中的组成部分,已成为我国农村信用社股份制改革的主流模式。甘肃省持续深化农村金融改革,大力推进农村信用社向农村商业银行改革,截止2014年末,甘肃省已有酒泉、灵台、会宁、武威和嘉峪关6家农村商业银行成功改制,这些农村商业银行的成功改制不仅对于提升银行本身的经营效益有着重要作用,而且对于引导甘肃省其他农村金融机构的改制也起到了积极的示范作用,因此有必要对甘肃省目前己完成改制的农村商业银行的运行效率进行评价。本文在对农村商业银行运行效率等概念界定的基础上,介绍了评价银行运行效率的方法、模型和指标,介绍了甘肃省农村金融改革的背景以及6家农村商业银行的改制情况和目前的运行现状,并利用2011至2014年间的经营数据对甘肃省6家农村商业银行的运行效率进行了评价。分析发现：改制后的农村商业银行在公司管理结构、资本资产数量、业务种类、业务覆盖范围等方面较改制前均有较大改善；在甘肃省农村商业银行改制的过程中,其规模效率基本保持不变,技术效率和纯技术效率逐渐下降,且技术效率的下降主要是由纯技术效率的下降引起的；在2011至2014年间6家农村金融机构综合效率的平均值分别为0.955、0.936、0.927和0.934,呈先下降后上升的趋势,且综合效率有效的金融机构占机构总数的比例不足三分之一,纯技术效率有效的机构与弱有效的机构的数量各占一半,规模效率有效的机构占机构总量的三分之一；对于规模效率和纯技术效率不完全有效的农村商业银行,其存在投入冗余或产出不足的问题,且可以通过减少投入或增加其产出等方法来提升其运行效率；农村商业银行股份制改造对于甘肃省不同农村金融机构的影响存在差异；2011至2014年间6家农村商业银行的全要素生产率指数为1.046,技术效率变化指数为0.996,技术进步变化指数为1.050,表明技术进步呈现上升趋势,且全要素变化指数的上升主要是由于技术进步上升引起的。最后,论文从建立和完善符合现代商业银行运行要求的管理机制,完善农村商业银行发展规模,建立农村商业银行投入产出评价体系,加强农村商业银行人力资源建设,因地制宜地推进农村金融机构改革等几个方面提出了相关政策建议。