处于变革时期的福建省民办高等教育事业,目前正处于能否实现腾飞发展的后续阶段。福建民办高等教育的发展涉及到政府的管理体制、自身内部的管理机制等诸多问题。福建民办高等教育发展的核算问题是财务管理问题。有了充足的经费保障和有效的办学效益才能在如今日益艰难的招生情势下生存和发展。而导致福建民办高校办学效益低下、筹资渠道单一的深层次原因——财务管理机制的不完善,是我们必须要面对和研究的重要课题。本文基于福建民办高校发展过程中面临的财务管理问题,借鉴了相关的制度理论,通过研究分析当前福建民办高校的财务管理的现状及存在的问题,并对其进行了原因分析,提出了对策及建议。本文的主要贡献是对福建民办高校财务管理分析并总结时,提出了在教育市场化的背景下福建民办高校在财务管理中出现的新问题,并在确立福建民办高校产权清晰的前提下,提出了建立福建民办高校内部控制评价体系,这些对福建民办高校的财务管理工作有一定的借鉴意义。