【摘 要】
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目的:旨在基于转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-seq)分析维持性血液透析(Maintenance hemodialysis,MHD)患者与健康人群外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cells,PBMC)中m RNA表达谱变化,通过富集分析筛选对应的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),
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目的:旨在基于转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-seq)分析维持性血液透析(Maintenance hemodialysis,MHD)患者与健康人群外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cells,PBMC)中m RNA表达谱变化,通过富集分析筛选对应的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),挖掘终末期肾脏病(End-stage renal disease,ESRD)发生发展过程中潜在的关键基因和生物信号通路,为ESRD分子机制、诊断与治疗提供理论依据。方法:选取2020.05-2020.06于暨南大学医学院附属第二医院血液净化中心行MHD并符合纳入标准的的ESRD患者10例作为实验组,另选取12例健康人为对照组,分别采集PBMC样本。以|log2FC|>1、P<0.05为筛选标准,使用edgeR对基因进行差异分析,并对DEGs进行GO和KEGG显著性富集分析。随后应用String在线平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction,PPI)网络,并用Cytoscape软件进行可视化。进一步使用MCODE插件构建关键分子模块,对模块中的差异基因进行富集分析,获得各个模块所代表的生物学功能,并使用Cyto Hubba插件筛选关键基因。最后在33例临床样本中进行实时定量荧光PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)验证,并绘制受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic,ROC)联合曲线,评价三个关键基因联合预测对ESRD的诊断价值。结果:(1)两组之间存在明显的差异基因表达谱,共筛选得到528个DEGs,与健康组相比,其中289个基因在MHD组中表现上调,239个表现下调。(2)DEGs主要集中在氧化应激、免疫应答、炎症反应、纤维化等多种生物学功能和信号通路,共同参与ESRD发生发展。(3)关键分子模块分析显示得分最高的模块主要与免疫反应、蛋白质水解反应、氧化还原反应、炎症反应、细胞外基质等生物学功能或结构相关。(4)CEACAM8、PGLYRP-1、CHI3L1三个核心基因可能为ESRD发生发展过程中潜在的关键基因,进一步通过qPCR验证发现这三个基因在MHD患者中表达量较健康组均明显上调,且差异有统计学意义(P<0.05)。(5)联合预测ROC曲线下面积为0.859(95%CI:0.7269-0.9916,P<0.001),敏感性为83.3%,特异性为80.0%,提示基因联合预测对诊断ESRD具有一定的评估价值。结论:CHI3L1、PGLYRP-1、CEACAM8共同通过炎症机制参与ESRD发生发展,可能为ESRD的潜在生物标志物,为ESRD诊断和治疗提供新思路。
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