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试验以紫花野鸢尾、白花野鸢尾、黄花野鸢尾和射干为试验材料,利用RAD测序技术对试验材料进行测序,通过测序后识别出的SNP和SSR位点对其进行SNP和SSR特征分析,为野鸢尾和射干SSR标记和SNP标记的开发提供生物信息学基础,通过SSR特征分析后进行了部分SSR引物开发,以便开发出在鸢尾属中可应用的多态性分子标记,为下一步鸢尾属分子标记的开发奠定基础。主要的研究结果如下:1.对3种花色的野鸢尾和射干的测序结果进行SSR分析,共识别出16012个SSRs。通过对试验材料进行分析发现单核苷酸重复类型为主要类型,平均占总SSR的33.18%,长度以10-20bp为主,除紫花野鸢尾外,其它材料都是三核苷酸重复类型占其次,平均占总SSR的32.19%,长度以15-21bp为主,二核苷酸重复类型平均占到总SSR的29.25%,长度以13-26bp为主;在紫花野鸢尾中,二核苷酸重复为1676个(31.77%),三核苷酸重复为1607个(30.46%)。在3种花色的野鸢尾中,在单核苷酸重复的重复基元类型中,T和A是主要的类型;在二核苷酸重复类型中CT和GA是主要的类型,其次为TC、AG、TA、AT、TG;在三核苷酸重复中类型中GCA和GAA是主要的类型。射干中,A和T是单核苷酸重复类型中的主要重复类型;GA和CT为二核苷酸重复类型中的主要重复类型,其次为AG、TC、AT和TA;GAA和GCA为三核苷酸重复类型中的主要重复类型。2.对4种材料进行SNP分析,共识别出了31014个SNPs。在这4种材料中,SNP杂合率范围为3.34%-10.50%,可以看出SNP杂合率相对较低,这表明了这4种材料的基因组的纯合度很高。对4种材料的SNP进行转换和颠换情况统计,转换的情况都明显高于颠换情况,而且C/T都有着很高的的发生频率。3.通过RAD测序后,对4种材料获得的tags进行了同源性比对分析,通过两两比对后发现,紫花野鸢尾和白花野鸢尾的同源性比例达到了80.18%,与黄花野鸢尾的同源性比例达到了81.32%,与射干的同源性比例达到了54.47%;白花野鸢尾与黄花野鸢尾的同源性比例达到了81.34%,与射干的同源性比例达到了55.86%;黄花野鸢尾和射干的同源性比例达到了54.87%。进行同源性比对后发现紫花野鸢尾、黄花野鸢尾和白花野鸢尾的同源性比例较高。4.通过对51对引物进行筛选扩增,从中筛选出4对有效引物,然后将4对引物在43份鸢尾属材料中进行多态性检测。结果如下:7号引物扩增结果显示,在野鸢尾、射干、长白鸢尾、矮紫苞鸢尾、粗根鸢尾、囊花鸢尾、紫花鸢尾和喜盐鸢尾中扩增出了不同的条带,在燕子花当中没有扩增出条带,其中北陵鸢尾、与德国鸢尾的扩增条带为相同的;在19号引物的扩增结果中显示,野鸢尾、射干、燕子花、紫花鸢尾和喜盐鸢尾扩增出不同的条带,其中燕子花、紫花鸢尾与喜盐鸢尾扩增出相同的条带;在28号引物中,只扩增出了射干的差异性条带,在其他材料中并没有扩增出差异条带;在40号引物的扩增结果中,在野鸢尾、射干、北陵鸢尾、德国鸢尾、长白鸢尾、矮紫苞鸢尾、粗根鸢尾、囊花鸢尾、燕子花中扩增出的条带差异明显,其中囊花鸢尾和燕子花扩增出了相同的条带,紫花鸢尾与喜盐鸢尾扩增出了相同的条带。5.在本实验中通过运用RAD-seq从野鸢尾和射干中共识别出了31014个SNPs和16012个SSRs,这为下一步分子标记的开发奠定了基础,也表明了RAD-seq可以应用于鸢尾属植物。