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华仁杏（Armeniaca cathayana D. L. Fu et al.）是2010年发表一杏属新种，是我国重要的木本粮油树种之一，具有重要的生态、经济、社会效益。华仁杏种质资源丰富形态标记难以区分。植物DNA分子标记技术是对植物基因组的直接探测，不受环境与植物生长发育阶段的影响与限制，故该鉴定方法较形态标记更为科学、准确和便捷。本研究应用SSR分子标记技术，开发华仁杏EST-SSR引物，构建华仁杏种质资源的DNA数字指纹图谱，并对其遗传多样性进行分析。主要研究结果如下：1、利用华仁杏材料对微卫星荧光显带技术进行了优化与完善，发现在琼脂糖凝胶电泳试验中，胶染法较点染法条带更为清晰明亮，并且染色均匀，背景干净，显带效果较佳，同时NaCl溶液具有增强染色的效果；在聚丙烯酰胺凝胶电泳试验中，胶染法和点染法的显带效果并不理想，泡染法效果最佳，并在泡染法的正交试验（L9(34)）中发现，染色时间对显带效果影响达显著水平，在实验范围内泡染时间越长显带效果越佳，另外，最佳处理组合为2X染色剂、10%NaCl、染色40min。2、利用NCBI公共数据库下载所得的蔷薇科EST序列进行华仁杏EST-SSR引物的设计与开发，应用SSRHunter1.3软件对8610条无冗余EST序列进行SSR位点搜索，共获得22527条SSR，SSR出现的频率为4.26%；在SSR位点搜索过程中，只有二核苷酸和三核苷酸两种重复类型，并未出现四、五、六核苷酸重复序列；使用61对设计所得EST-SSR引物进行PCR扩增，其中24对扩增出清晰条带，有效扩增率为39.34%，10对引物具有多态性，多态率为16.39%。3、利用31对SSR引物对63份杏材料进行PCR扩增，共检测到138个多态性片段，构建了63个杏材料的SSR标记数字化DNA指纹图谱；综合杂合度、PIC值、Shannon信息指数等指标对31对SSR多态性引物进行分析与评价，发现引物BPPCT030和aprigms18种质鉴别能力最强，引物Pchgms2多态性较低，鉴别能力较弱。4、对63份杏材料的遗传多样性进行分析，并用非加权组平均法（UPGMA）聚类发现：（1）在相似性系数为0.95处，所有供试材料都可以被区分开。（2）在相似性系数为0.65处可将63份杏材料分成4个大组，大部分华仁杏品种聚类在第二大组；‘新4号’和‘优一’亲缘关系较近，‘N34’和‘N35’关系较近；‘紫杏’、‘御杏’和华仁杏品种‘国仁’、‘N34’、‘N35’和‘丰仁’聚在一起；山杏与华仁杏品种‘11X01’聚在一起；华仁杏品种‘11L09’单独聚为一类。