面对创新驱动发展战略以及科技强省战略的时代新要求,克服同质化导向,推进省属科研院所分类评价是“三评”改革以来中国实施科研机构分类评价的重要导向。本研究借鉴创新链理论,结合各院所科技创新活动的特点,将省属科研院所分为基础研究类、技术开发类、成果转化类,并从创新管理、创新基础、创新产出与创新效益四个维度构建省属科研院所创新能力分类评价指标体系,运用博弈论思想,结合主观层次分析法和客观熵权法两种赋权方法计算得到综合权重,并对山东省属科研院所的数据开展实证研究。在此基础上,计算山东省各类省属科研院所创新管理-基础-产出-效益的耦合协调度与山东省属科研院所创新三阶段基础研究-技术开发-成果转化的耦合协调度,探究其协同发展水平,最终依据研究结论提出提升省属科研院所创新能力的对策与建议,以期提升省属科研院所的整体发展水平。研究结果表明:（1）创新管理、创新基础、创新产出以及创新效益对省属科研院所创新能力起到交叉影响的作用。（2）基础研究类院所创新策源能力评价要以创新成果的质量与原创价值为重点;技术开发类院所核心技术攻关能力评价要以自主知识产权和重大技术创新突破为重点;成果转化类院所创新孵化能力评价应以经济效益、组织效益以及实际贡献为重点。（3）基础研究类院所能够激发原生创新要素,具有较强的社会服务能力和意识,但重大开创性原始创新成果产出较少;技术开发类院所具备良好的科技事业基础,关键核心技术的相关专利和标准体系尚未实现重大突破;成果转化类院所创新孵化能力差距较大,多数院所具有较高的经济和组织效益,但其创新基础较为薄弱。（4）山东省属科研院所创新三阶段基础研究-技术开发-成果转化之间的互动耦合关系较为明显,有利于良性发展,其耦合协调度呈现中度协调阶段,协同发展关系有待提升。本研究全面精准提出促进省属科研院所创新能力提升以及区域科技创新高质量发展的对策与建议:针对政府管理部门而言,应该着力加强顶层设计,深化院所分类改革;统筹优化资源配置,引领院所提质增效;突出“高精尖缺”导向,坚持靶向引才育才。针对省属科研院所而言,基础研究类院所要以智力资本要素集聚提升原始创新策源;技术开发类院所要围绕战略性研发部署加快核心技术攻关;成果转化类院所要以资源深度交互聚合激发创新全链条孵化。