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目的了解浙江省德清县农村自然人群显性和隐匿性乙型肝炎病毒感染情况及显性和隐匿性病毒株S基因的分子特征。方法采用多级抽样方法,在分层抽样的基础上多级抽样,抽取新安镇全镇和筏头乡四个行政村,进行横断面调查,在取得调查对象知情同意的基础上采集调查表信息并采血,做好质量控制,必要时补充调查。采用Epidata3.2软件进行调查表信息录入,采用双录入策略并进行核对,采用SPSS18.0软件进行数据分析,分析乙肝感染的危险因素及实验室检测结果；对所有样品进行检测HBsAg ELISA检测及病毒载量Real-time PCR测定,并对HBsAg检测阳性或病毒载量测定阳性的标本进行进一步的HBVS基因PCR扩增和测序,采用MEGA5.0软件对测得序列进行进化分析,分析当地人群目的片段分子特征。结果共调查对象1720位,调查人群HBsAg阳性者共162例,OBI感染者共4例,HBV感染率为9.51%(166/1720),性别和肝炎患病史是影响HBV感染的主要因素,女性调查对象HBV感染阳性的危险性显著低于男性调查对象,OR=0.522,95%CI:(0.359,0.759);有肝炎患病史的调查对象HBV感染阳性的危险性显著高于无肝炎病史的调查对象,OR=2.525,95%CI:(1.520,4.196)。本次调查OBI的感染率为2.57‰(4/1558)。显性和隐匿性病毒株病毒载量中位数及四分位数范围分别为866(425,12500)(IU/ml)和314(216,677.5)(IU/ml),前者显著高于后者(Wilcoxon秩和检验,z=3.080, P=0.002)。HBsAg阳性血清样本扩增得到71株显性病毒株S基因序列,HBsAg阴性血清样本扩增得到4株OBI病毒株S基因序列。OBI病毒株均为C基因型,均为adrq+血清型。显性HBV病毒株54株为B基因型,其中有2例标本为adw3血清型,其余52例均为adw2血清型；余17株为C基因型,均为adrq+血清型。OBI病毒株中C基因型的比例显著高于显性HBV病毒株中C基因型的比例。B基因型显性病毒株发生I104F、L109V、I110L、S113T、T126I、P127T、Q129R、M133L、F134L、 P135A、T140A、K141I、T143M/S、V159A、Y161F、A166G、and R169P突变,C基因型显性病毒株发生I126S、I126T及F158S突变。OBI病毒株发生Q129R. M133T及F161Y突变。结论一般人群存在一定比例的OBI感染,OBI感染病毒载量较低,OBI病毒株存在氨基酸突变,C基因型为其可能的优势基因型,需重视OBI预防问题。可进一步探讨人群感染OBI可能的危险因素。