鱼类MIF和SOCS基因家族的分子克隆和进化分析

来源 :浙江大学 | 被引量 : 4次 | 上传用户:guigui1998
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运用生物信息学等技术,首次成功地发现和克隆了鱼类MIF基因以及SOCS基因家族的12个成员共55个基因,并进行了系统发育分析、分子起源研究以及基因的组织分布、差异表达和初步的功能鉴定。 第一篇建立了一套鱼类免疫功能基因分析鉴定的生物信息学方法,包括数据库利用、基因ORF和UTR预测、基因组序列错误纠正等,并例举了详细的实例,开发了GeneMaper/TransSeq等具有自主知识产权的生物信息学软件,为深入开展鱼类免疫基因的分子克隆、生物学功能和分子进化等研究打下了方法学基础。 第二篇进在黑青斑河豚(Tetraodon,nigroviridis)斑马鱼(Danio rerio)红鳍东方鱼屯(Fugu rubripes),底鲻(Fundulus heteroclims),,虹鳟(Oncorhynchus mykiss)鲶鱼(Ictalurus punctams、),鲑鱼(Salmo salar)和大唇朴丽鱼(Haplochromischilotes)等多种鱼类中,系统开展了MIF基因的分子克隆与进化等研究,并分析MIF基因的拷贝数、组织分布和诱导表达规律,初步探讨了其生物学功能。 第三篇首次从黑青斑河豚,斑马鱼,红鳍东方鲀,三刺鱼(Gasterosteusaculeatus)和青鳉(Oryzias latipes)等五种鱼类中,系统分离鉴定了鱼类SOCS基因家族12个成员共55个基因,其中SOCS3b,SOCS5b,SOCS8和SOCS9为SOCS家族新成员,迄今在包括哺乳动物在内的所有物种中尚未见报道,极大丰富了SOCS家族研究的内容,为发现SOCS家族新功能奠定了基础。对SOCS基因家族的分子起源与进化进行了系统研究,发现了SOCS基因家族在脊椎动物中的进化规律,首次发现SOCS家族可以分为Type Ⅰ SOCS(包括SOCS4-7、SOCS和SOCS9)和Type Ⅱ SOCS(CISH,SOCS1-3,SOCS3b和SOCS8)两类,并提出了脊椎动物SOCS基因家族由两个祖先分子通过内含子缺失、基因复制等方式起源与进化的假说。
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