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蒙古马作为中国最优秀马品种资源之一,具有抗严寒、耐粗饲,抗病力、持久力和适应性强等特性,已被录入我国畜禽品种保种名录中,在遗传资源上是一个极为宝贵的基因库,对人类有着不可忽视的社会及经济意义。但目前在国内开展马遗传资源方面的工作还十分薄弱。主组织相容性复合体(MHC)由于其在动物抗病性能上发挥着重要作用,在畜牧业的发展中,成为了一个重要的研究课题。本论文利用PCR-SSCP技术和PCR扩增产物直接纯化测序技术对七个品种马300个样品的ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的基因多态性进行了研究,为揭示马品种ELA的遗传特性提供了重要的实验依据。本论文主要得出了以下结论:1、在马的MHC-Ⅱ类区中4个功能基因的第2外显子中都存在着多态性。其中ELA-DRB*exon2的多态性最丰富,SNPs出现率达27%,即相当于每3.7个核苷酸中出现1个核苷酸的变异;其次是ELA-DQB*exon2,其SNPs频率为23.7%,即相当于每4.2个核苷酸中出现1个核苷酸的变异;ELA-DQA*exon2的SNPs频率为21%;ELA-DRA*exon2多态性最不丰富,SNPs频率仅为2.4%。2、ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的核苷酸的变异类型在七个品种马中均为转换和颠换,除DRA*exon2的转换和颠换频率相等,密码子第一、二位的变异和密码子第三位相同外,其余三个位点均以转换为主,且密码子第一、二位的变异明显多于第三位。DQA*exon2位点仅检测到一处插入/缺失。在正选择检验过程中,DRA*exon2序列的进化较为保守,DQB*exon2正检验不显著;DQA和DRB*exon2正检验显著。3、ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的优势密码子及其相对使用频率综合考虑存在一定的差异性,即密码子及其相对使用频率存在不均一性。4、群体遗传学研究结果表明,纯血马、乌珠穆沁马、三河马和巴尔虎马四个品种马在DRA*exon2位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,锡尼河马和乌审马却未达到平衡状态;而所研究的七个品种马在DQA*exon2位点均处于非平衡状态。多态信息含量(PIC)和杂合度(He)的研究结果显示,纯血马和三河马在DRA*exon2位点属于高度多态,乌珠穆沁马、锡尼河马、巴尔虎马和乌审马属于中度多态;而在DQA*exon2位点均属于高度多态。不同品种马在两个位点的杂合度都很高,尤其在DQA*exon2位点,值都大于0.6。5、本文以ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的氨基酸作为研究对象,通过统计和分析得出以下五个特点:(1)突变位点氨基酸变异的随机性;(2)突变位点氨基酸变异率的不一致性;(3)突变位点氨基酸变异位置的随意性;(4)