房屋征收补偿协议是行政机关作出的一种柔性行政行为,目的是减少房屋征收工作中与被征收房屋所有权人之间的冲突,提高征收工作效率,实现行政管理目标。房屋征收补偿协议争议发生于协议签订、履行、执行的各个阶段,争议主体、争议原因、争议请求各不相同,决定了在我国现行司法救济制度下法院应对性质不同的争议提供相应的救济。事实是,对于相同类型、相同性质的争议,不同的乃至同一个法院仍会适用不同的审判组织和裁判规则进行审理,原因之一是直接对其进行规范的《国有土地上房屋征收与补偿条例》并未明确补偿协议的性质及纠纷的诉讼救济方式。为了平等保护利害关系人的合法权益,维护司法权威,明确其法律性质和司法救济途径显得迫切而重要。根据行政合同与民事合同的识别标准以及《行政诉讼法》及其司法解释的立法现状,可以确认房屋征收补偿协议属于行政合同范畴。然而,合同文本法律性质的确定并不意味着司法救济模式的统一,民事救济模式、行政救济模式、混合模式并行的现象仍然或长期继续存在。比较分析两种救济模式的规则和裁判效果,我们应当肯定行政诉讼模式解决补偿协议纠纷的必要性。实践中,法院即使适用行政诉讼模式对补偿协议争议提供救济,也仍然面临一些问题:受案范围限制导致一些补偿协议争议无法进入法院的门槛、传统行政诉讼制度无法有效应对新型行政行为、立案登记制的弊端日益显现、当事人滥用诉权、纠缠诉讼,等等。现有制度的完善是权利得以保障的前提。第一,要逐步缩减受案范围的限制,让更多的补偿协议争议进入法院的大门;第二,制定专门法律规范,尽早出台行政协议司法解释;第三,完善举证责任分配规则,行政性争议和合意性争议适用不同的举证规则,法院应肯定第三人的举证权利,保护第三人利益;第四,增加行政诉讼审查原则,对补偿协议进行合约性审查和合理性审查;第五,适用和推广混合合议庭制度,克服和解决传统行政诉讼制度无法有效审查双方性行政行为的弊端;第六,适用立案快速听证制度,通过听证程序过滤掉滥诉、缠讼、不具有诉的利益案件。