随着经济社会的快速发展,协同创新逐渐成为我国在各行各业所要求的一项必要的品质,在科学研究和高校建设方面自然也越来越受到重视,随着科研项目的逐渐增多,项目的复杂程度也越来越大,项目所应用的科学技术也越来越先进,这就使得协作、创新、共享等理念应用的越来越广,为此我国提出了“高等学校创新能力提升计划”这一重要战略举措,创建了一批2011协同创新中心,目的是提升我国高等学校的创新能力。近几年来,2011协同创新中心的发展日趋完善,越来越多的学者开始对协同创新中心的运行情况,资源情况进行研究,但是随着中心的发展,资源配置方面出现了越来越多的问题,协同单位之间缺乏有效沟通导致资源的浪费、中心的评价机制不完善产生的一系列资源配置不合理现象,协同单位多的中心资金和人员投入的冗余、科研能力与资源配比不均导致产出水平低下从而使得的资源配置效率低下等问题日趋明显。基于以上问题,本文从研究2011协同创新中心的资源配置效率入手,参考众多学者的研究成果,结合学者们对中心的评价时所应用的指标,分析2011协同创新中心产出的影响因素,确定对中心的科学研究、人才培养、学科建设三项基本目标实现产生直接和间接影响的投入指标,建立测算2011协同创新中心资源配置效率的评价指标体系,并应用数据包络分析和MI指数模型对2011协同创新中心的资源配置效率及效率变化率进行测算,再依据管理方格理论建立2011协同创新中心的四分图模型,根据各个中心的模型结果分析其效率发展情况并对2011协同创新中心进行分类,最终对不同类型的中心提出相应的改进意见,为提升我国的高等学校的教育水平做出贡献。