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人呼吸道合胞病毒(RSV)是一种非分节负链RNA病毒,基因组全长15.2Kb左右,依据基因序列及抗原反应性差异将所有RSV分为A和B两族,每个族还可以分为多个基因型。RSV具有很强的感染性,且感染的致死率较高。现在已经发展了多种RSV检测方法,然而这些方法都存在一定的缺陷。关于上海地区RSV的流行病学至今没有很好的调查。为了探索新的RSV检测方法,我们利用逆转录环介导等温扩增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)对RSV进行了检测。首先,利用生物信息学方法,对49株RSV全基因组序列进行了多重比对分析,并找出基因组中的保守区域,设计出了针对A族和B族RSV的共12条引物。然后应用正交设计的方法优化得到了最适于所设计引物的反应体系,并用该体系对引物的灵敏性和特异性进行了检测。针对灵敏性,利用该体系和所设计的引物测定了对A和B族的RSV的检测限,发现对A族毒株检测限为5X101.75TCID50/ml,对B族毒株的检测限为5×10-0.5TCID50/ml,均低于临床样本中的RSV滴度。进一步,使用本方法对77个呼吸道样本进行了检测,检出率47%,与目前常用的RT-PCR检测方法检出率相当。为了对上海地区RSV的流行病学状况进行调查,我们收集了来自于南翔医院从2009到2012年间的2407个呼吸道鼻咽拭子样品,通过多重PCR检测到184个RSV阳性样本,根据RSV样本的时间分布发现上海地区在2009-2010流行季经历了一次RSV病毒大爆发。对184个样本进一步进行了DNA序列测定,获得了69条RSV内G蛋白C末端区域序列(该区域为RSV基因分型的通用区域),结合以前的报道,通过进化分析确定上海地区分布着分属A和B两族的10个RSV基因型。根据两族RSV的时间分布分析发现,上海地区的流行毒株经历了从B族(2009—2010流行季)到A族(随后两个流行季)的转变。根据基因型的时间分布发现,在RSV爆发的季节,有大量的基因型共流行,同时会有大量新基因型出现。在基因型分析中发现,在2010-2011流行季上海地区发现了两个月前在加拿大刚刚出现的ON1基因型,这暗示RSV可能在一个流行季中在不同大洲间传播。