随着经济全球化的发展，全球经济逐步融为一体，各个国家和地区正在努力融入到全球经济中。不同的城市、地区和国家在竞争中寻求合作，在合作中相互竞争，以实现整体共赢，全球经济走向整合。随着经济全球化和市场经济体制在全球范围内的推广，生产要素得以自由流动，传统的以国家为基本经济单位的观点逐步发生变化，区域成为参与国际分工的重要主体，是全球经济中最活跃的经济单元。区域的竞争优势来源于创新。对于区域来说，区域经济的非常规发展是新技术和与之相适应的区域经济制度环境相结合的结果，一个有效的区域创新系统能使其在有限的资源条件下获得较快的发展。因而，区域创新系统与区域竞争优势之间存在正相关关系，一个区域要取得区域竞争优势必须大力建设区域创新系统。我国在知识经济的浪潮中，不断寻求提升国家竞争力，加强区域经济建设。长江三角洲、珠江三角洲、环渤海经济圈成为带动我国经济发展的三大动力源。其中，长江三角洲地区是我国经济发展最活跃的区域，也是带动我国经济发展的主导力量。进入21世纪以来，长江三角洲地区掀起了区域经济一体化的新热潮。长三角在合作与竞争中向前迅猛发展，呈现出生机勃勃的繁荣气象。本文共分五个部分。第一部分，创新系统概述。总结区域创新系统理论的理论来源与研究进展，界定区域创新系统的概念和构成，分析目前占据主导地位的区域创新系统运行机制：基于产业集群的区域创新系统运行机制、基于产品生命周期的区域创新系统运行机制、基于三螺旋理论的区域创新系统运行机制。最后，阐述论文的研究意义。第二部分，长三角区域创新系统及其运行机制。从长三角发展概况出发，分析长三角区域创新系统的现状，尤其是其运行机制的现状。第三部分，长三角区域创新系统运行效率评价。采用DEA分析方法，对长三角区域创新系统的运行效率进行定量评价，论文建立两阶段DEA评价模型，选择指标和数据，进行定量分析，确定长三角区域创新系统在技术与经济两方面的有效性。第四部分，根据前文的评价结果，结合三螺旋理论与产业集群理论，从创新环境空间建设和产业发展两方面提出长三角区域创新系统优化运行机制。第五部分，总结与讨论。总结本文的研究成果，对研究中存在的不足以及今后的发展方向进行讨论。