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各种细菌性疾病对畜牧业的发展十分有害，致病性细菌是动物舍环境污染的主要因素之一。产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌为牛舍环境中的主要致病菌，这两种细菌分布较广，且易产生耐药性。Rep-PCR基因指纹图谱微生物源追踪技术具有分辨力高、稳定性好、简便快速、易于解释等优点。本研究通过Rep-PCR方法，来分析牛舍环境中不同来源的产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌的同源性，为控制与干预产毒素大肠杆菌和沙门氏菌提供依据，也为建立牛场养殖环境的监测管理体系提供理论基础。首先采取黑龙江省4个牛场12个牛舍的空气、饮用水、饲料、垫土和粪便样品共976份，对采集的样品进行大肠杆菌和沙门氏菌的分离培养，用PCR方法鉴定产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌，阳性分离株做药物敏感试验。其次将阳性分离株进行Rep-PCR扩增，形成DNA指纹图谱，鉴定不同采样点的产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌遗传相似性。同时对牛舍中病死牛和牛腹泻事件中分离的产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌进行耐药性检测和溯源分析，确定其来源。结果显示976份样品中分离出153株产肠毒素大肠杆菌和42株沙门氏菌，检出率分别为15.7%和4.3%。所有产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌对利福平、克林霉素、阿莫西林完全耐药。产肠毒素大肠杆菌的高度敏感药物为氯霉素、氟哌酸、卡那霉素、依诺沙星、氧氟沙星，沙门氏菌的高度敏感药物为氟哌酸、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、壮观霉素、依诺沙星、氧氟沙星和头孢吡肟。Rep-PCR结果显示，牛舍空气中分离到的部分产肠毒素大肠杆菌与牛舍粪便分离的相似性可达90%以上；水中的分离株与来自空气、粪便和垫土中的相似性可达90%以上；饲料中的分离株与空气、粪便和垫土中的相似性可达90%以上；垫土中分离的产肠毒素大肠杆菌与空气、粪便分离的相似性可达90%以上。Rep-PCR结果显示，牛舍空气中分离到的部分沙门氏菌与牛舍粪便分离的相似性可达90%以上；牛舍水中的分离株与空气、饲料和粪便中的相似性可达90%以上；牛舍饲料中分离的沙门氏菌与空气和垫土中分离的相似性可达90%以上。从牛舍病死牛和牛腹泻事件中分离了3株产肠毒素大肠杆菌和1株沙门氏菌，3株产肠毒素大肠杆菌对红霉素、青霉素、利福平、克林霉素、阿莫西林完全耐药；1株沙门氏菌对四环素、红霉素、青霉素、利福平、庆大霉素、克林霉素、阿莫西林均完全耐药。Rep-PCR结果显示，1株产肠毒素大肠杆菌来源不确定，另两株分别来自水和垫土，沙门氏菌来源于饲料。综上所述，Rep-PCR方法对菌株有较好的判别结果，可作为研究产肠毒素大肠杆菌和沙门氏菌来源和传播途径的有力工具，为牛舍环境微生物溯源体系的建立提供了可行的方法。