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第一部分横纹肌肉瘤染色体异常改变及相关基因的筛选与分析目的：横纹肌肉瘤是儿童最常见的软组织恶性肿瘤,预后差,尽管对其分子遗传学特点有了一定的认识,但是有关的发生发展机制仍然有待阐明。本研究旨在前期研究基础上,筛选与横纹肌肉瘤发生发展相关的异常染色体片段和相关基因,并对相关基因进行功能信息学分析,为进一步阐明横纹肌肉瘤的发生机制及分子诊断与靶向治疗奠定基础。方法：运用高通量阵列比较基因组杂交技术(aCGH)在20例横纹肌肉瘤组织和2个细胞系中筛选出与横纹肌肉瘤发生发展密切相关的异常染色体片段和相关基因,同时,应用DAVID软件和TAM软件分别对上述染色体拷贝数改变区段的基因和染色体扩增及缺失区段相应的niRNA进行了生物信息学功能富集分析。结果：(1)aCGH结果显示所有横纹肌肉瘤组织和细胞系中均存在不同程度的染色体区段获得或丢失等异常改变。其中最常见的染色体获得区段包括12q13.3-q14.1(12/20,60%)、12q14.1(12/20,60%)和12q13.3(11／20,55%),缺失区段包括14q32.33(12/20,60%)、9p12-p11.2(11/20,55%)、10q11.21-q11.22(11/20,55%)和16p11.2(11/20,55%),扩增区段有12q13.3-q14.1(6/20,30%)和12q13.3(5/20,25%),丢失区段有9p24.3(8/20,40%)、5q13.2(7/20,35%)和22q11.21(7/20,35%)；而胚胎性横纹肌肉瘤中最常见的染色体获得区段(在腺泡状横纹肌肉瘤很少出现或不出现)包括7q11.23(6/10,60%)、19q13.12(6/10,60%)、19p13.11(6/10,60%)和8q24.3(6/10,60%)。(2)生物信息学分析显示,横纹肌肉瘤染色体扩增区基因中存在免疫球蛋白、IgG结合区、受体、Rho-GAP等功能区富集,丢失区基因中存在防御功能、伤口愈合、GTP酶激活区和叉头DNA结合域等功能区富集。在腺泡状横纹肌肉瘤中,扩增区基因存在细胞周期、原癌基因等功能区富集,其中细胞周期功能富集区包含MDM2、CDK4、HMGA2等基因,原癌基因功能富集区包含GLI1、MDM2、CDK4、c-MET等基因。同时,横纹肌肉瘤中存在致癌miRNA(包括miR-24、miR-27a、miR-146b等)、肌发育相关miRNAC包括miR-24、 miR-27a. miR-331等)和细胞周期相关miRNA三个功能富集区的上调。结论：(1)12q13.3-q14.1、12q14.1、12q13.3、14q32.33、10q11.21-q11.22和9p24.3是横纹肌肉瘤中最常见的染色体异常片段；而7q11.23、19q13.12、19p13.11和8q24.3区段可能与胚胎性横纹肌肉瘤相关。(2)细胞周期与原癌基因等功能富集区包含的MDM2、GLI1、GEFT, CDK4和c-MET等基因可能与横纹肌肉瘤发生发展相关。(3)致癌miRNA、细胞周期相关miRNA和肌发育相关miRNA的上调可能与横纹肌肉瘤相关。第二部分GEFT、CDK4、GLI1、MDM2和c-MET基因在横纹肌肉瘤中的表达及意义目的：在前述aCGH研究基础上,在横纹肌肉瘤中检测和初步验证GEFT、 CDK4、GLI1、MDM2和c-MET基因的表达与意义,为进一步阐明其分子机制及分子诊断与靶向治疗奠定基础。方法：在45例横纹肌肉瘤和36例正常对照组织中,运用实时定量PCR检测GEFT、CDK4、GLI1、MDM2和c-MET mRNA在横纹肌肉瘤和正常对照组织中的表达,运用免疫组织化学方法检测GEFT和CDK4蛋白的表达,结合临床病理及随访资料,探讨其在横纹肌肉瘤中的意义。结果：(1)通过实时定量PCR检测发现,在横纹肌肉瘤中GEFT、CDK4、 GLI1、MDM2和c-MET mRNA的表达水平均明显高于正常对照组织,分别是正常对照的3.92倍(p=0.0354)、4.53倍(p=0.0061)、5.672倍(p=0.0478)、14.59倍(p=0.0229)、4.925倍(p=0.0492),差异具有统计学意义。(2)免疫组化检测结果显示,横纹肌肉瘤中GEFT蛋白的过表达率为68.89%(31/45),而且与肿瘤的临床分期(p=0.001)、淋巴结转移(p=0.019)、远处转移(p=0.004)以及预后差(p=0.001)密切相关；CDK4蛋白的表达率为48.89%(22/45),其在腺泡状横纹肌肉瘤中的表达明显高于在胚胎性横纹肌肉瘤中的表达(两者差异有显著性,p=0.048),且CDK4蛋白表达与淋巴结转移密切相关(p=0.026)。结论：(1)GEFT、CDK4、GLI1、MDM2和c-MET等基因可能是横纹肌肉瘤的相关基因。(2)GEFT和CDK4可能与横纹肌肉瘤的进展、侵袭转移和差预后密切相关。