随着科学技术的进步与发展,高通量测序技术在转录组学研究方面得到了非常广泛的应用。素有“植物王国”之称的云南,因其得天独厚的自然生长条件,也成了名副其实的“真菌王国”。本研究通过Illumina/HiseqTM2000测序平台,完成了对云南野生食药用大型真菌中牛肝菌科疣柄牛肝菌属的远东疣柄牛肝菌和牛肝菌属的双色牛肝菌的转录组测序工作,通过生物信息学分析对其进行了从头组装,完成了对两种真菌转录组基因的功能注释,并对它们的转录组进行了进一步的比较与分析。在此次研究中,远东疣柄牛肝菌和双色牛肝菌分别鉴定出了2,730个SSRs和1,652个SSRs,然后利用CandiSSR软件,以双色牛肝菌转录组的SSRs为参考序列,将远东疣柄牛肝菌转录组SSRs与参考序列比对后得到了89个在两种真菌中具有多态性的SSRs位点,提取了双色牛肝菌中多态性SSRs位点上、下游各100bp的核苷酸序列,以供引物设计使用。通过两种真菌转录组的比较,对它们在进化过程中直系同源基因所受到的选择性压力进行了研究,并发现了有52个直系同源基因对可能受到了正选择作用,其中有6个直系同源基因对可能受到了较为强烈的正选择作用。最后,完成了对两种真菌的碳水化合物酶有关基因的注释与比较研究。远东疣柄牛肝菌和双色牛肝菌的转录组数据及功能基因的注释,为开展种质资源的保护与发掘利用,进一步研究它们的药用成分的代谢、药理作用及特点奠定了基础。