红掌高密度SNP遗传连锁图谱构建及疫病抗性佛焰苞花色性状QTL定位

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红掌(Anthuriumandraeanum.Lind)是我国重要的盆切两用花卉,培育高抗疫病、多花色品种是目前红掌育种的主要目标。红掌常规育种周期长、效率低;分子辅助育种具有高效、高精度等优点,在现代作物育种研究中广受关注。本研究采用’Acropolis’(♀)(抗疫病,白花)×感病品种’Alabama’(♂)(感疫病,红花)随机筛选的199个单株,通过SLAF-seq高通量开发SNP标记,构建了红掌高密度遗传图谱,并通过抗性接种鉴定及花色表型调查统计,定位相关QTL,主要研究结果如下:(1)SLAF-seq测序获得1,215.07Mreads,测序平均Q30 为90.09%,平均GC 含量为42.09%。本研究共开发了 537,356个SLAF标签,母本获得192,013个SLAF标签,测序深度为34.33 X;父本共获得194,587个SLAF标签,测序深度为35.46 X;子代SLAF标签总数为150,756,平均测序深度为13.43 X。开发的高质量SLAF标签有344,383个,其中多态性SLAF标签共有169,020个,多态性比例达到 49.08%。(2)利用“双假测交”策略构建亲本遗传图谱。雌性图谱总长度为2,326.85cM,上图标记为4,440个,平均图距为0.65cM。雄性图谱总长度为1,896.74cM,上图标记为4,287个,平均图距为0.64cM。整合双亲遗传图谱得到总图距为2,246.36 cM,平均图距为0.37cM中性图谱。上图7,065个Marker分布于15条连锁群上,与红掌染色体数目一致。偏分离标记为272,占标记总数的比例为3.85%,上图标记完整度为 99.87%。(3)本研究采用离体叶盘接种法鉴定Fi群体及亲本的抗性,通过叶盘坏死周期(TLC)来判断抗性,F1群体TLC范围为2-25天,抗性表现为连续性变异,并在作图群体中呈现正态分布的规律。通过MapQTL6.0检测到3个与抗性有关的QTL,LOD值范围在2.02-2.27,贡献率为4.1%-5.3%。利用GACD1.0检测到24个与抗性相关的 QTL。LOD 值范围在 2.0062-3.1369,贡献率为 0.3462%-3.9058%间。(4)通过肉眼观察及色差仪测量法调查花色表型,肉眼观察F1群体花色分离类型为红、白、粉、橙;色差仪测定结果中明度L*、色相a*b*和彩度C*与肉眼观察结果具有显著相关性,相关性系数最大为0.581。经过正态分布检验L*a*b*及C*、h值及肉眼观察值,均表现为连续性变异,基本符合正态分布。经K-S检验,L*值、a*值和C*值的P值均大于0.05,适用于QTL定位。利用L*r,a*,C*分别对红掌作图群体进行QTL定位,利用MapQTL6.0通过L*,色相a*,彩度C*值筛选得到的与花色连锁的3个QTL,主要集中于6号连锁群、7号连锁群、12号连锁群。LOD最大值为20.82,贡献率范围为7.5%-39.5%。利用GACD1.0复合区间作图法检测到12个与花色相关的QTL,通过L*值定位到5个QTL,LOD值在3.307-14.3589间,贡献率在0.735%-5.1759%间。通过a*值定位到6个QTL,LOD值在3.2913-10.2753间,贡献率在0.84%-6.9582%间。通过C*值定位到 6 个 QTL,LOD 值在 3.0924-4.2314 间,贡献率在 1.335%-8.289%。
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