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遗传图谱构建是当前植物遗传研究的热点，但林木遗传图谱构建中存在密度较低、共显性标记不多、基于功能基因的标记缺乏等问题，如何开发共显性的、基于功能基因的分子标记并用于林木遗传图谱构建是急需解决的问题。桉树在全球范围内是重要的造林树种，也是林木遗传研究的模式树种，其遗传图谱构建具有重要的理论意义和应用价值。利用下载的15条EST开花基因序列，进行了引物设计和PCR扩增条件优化，有13对引物能成功进行PCR扩增。利用DGGE（Denaturing gradinent electrophoresis）和33种限制性内切酶对可成功PCR扩增的13个EST序列在尾叶桉×细叶桉F1作图谱系的多态性进行了筛选，分析了EST标记的分离方式，并将多态性的EST标记整合到尾叶桉和细叶桉的RAPD遗传图谱上。分离方式研究中，有9个EST序列可用DGGE和合适的限制性内切酶酶切并在作图谱系中产生多态性，即产生EST标记，9个EST标记呈1:1的分离，包括1个偏离孟德尔分离（α=0.05），且均符合孟德尔分离。孟德尔正态分离的EST标记比例达88.9％，偏分离标记比例为11.1％。在分离方式研究的基础上进行了遗传图谱构建的研究，运用作图软件Mapmaker3.0将EST标记整合到已构建的RAPD遗传图谱上，结果表明：6个EST标记分别整合到尾叶桉的第3、8、10、13和15连锁群上，总遗传图距1544cM，共23个连锁群，标记间的平均距离为10.8cM。整合8个EST标记后的细叶桉新图谱总遗传图距1228.1cM，分布于23个连锁群上，标记间的平均距离为10.7cM。8个标记分布于第2、3、5、6、9、10、15和第20连锁群上。基于RAPD-EST的尾叶桉和细叶桉新图谱，遗传总图距分别增加了38.6cM和192.6cM；各自覆盖原来估计基因组全长的97.4％和81.5％。