法治政府理论研究应该聚焦法律与政府的关系。目前“管理论”、“控权论”、“平衡论”、“服务论”、“公共利益本位论”以及“政府法治论”等，均囿于现实中法律规范框架和运行机制的制度解释和价值判断，既忽视了政府作为结构关系系统的客观事实，也未能充分反映法律与政府的内在逻辑。结构关系是一切系统的存在形式，研究法律与政府的关系，大前提是要全面把握政府系统的结构关系，只有这样，才能摆脱思维成见，真正看到暂时还作为黑箱存在的可知世界。　　本文的结构安排为，除了“绪论”和“结论”外，正文分为五章。　　第一章，梳理法治政府理论及其范式，为本文的法治工程范式铺设研究基础。基于法治政府理论与法学理论的一脉相承，尝试将法治政府理论大致分为四种范式：一是以纯粹思辨的和非经验的方法为途径，注重法治政府应然价值的“规范哲学范式”；二是以规范分析和比较历史分析为途径，注重法治政府实然价值的“制度分析范式”；三是以社会学和行为科学等学科方法为路径，注重法治政府行为和过程精细观察的“行为过程范式”；四是以系统科学方法为路径，注重法治政府系统组分关系分析及其整体性建构的“法治工程范式”。分析不同研究范式的方法论及其在法治政府理论研究中的学理价值，一方面勾画了制度主义、授权规则论、控权论及法律工具主义影响下法治政府理论发展的轨迹，另一方面论证法治工程范式对当下建构法治政府这一系统性工程的实践意义，同时还从系统环境视野提出不能将“法治政府建设”主观地简约为“政府法治化”。　　第二章，探究政府系统的特性及其法律确认，揭示法律与政府系统特性的共变关系。把政府作为一个系统看待，不仅可以借助系统理论集中分析政府系统的整体性、层次性、开放性、目的性、演进性、组织性、稳定性及复杂性等主要特性，而且可以历史地爬梳这些特性的演化规律和宪制性安排，从而发现政府系统特性与法律的共变关系。尤其是在研究结果的应用上，不仅为政府系统法律规制的必要性、可控性及能控性提供了科学依据和充分理由，而且初步化解了经典理论研究和行为过程研究等范式“能发现问题却无法解决问题”的困惑。　　第三章，剖解政府系统的结构关系及其法律调整，寻找法律在政府系统中关键和敏感的作用点。结构关系是政府系统的存在形式，基于政府系统的结构生成及其变革，厘清其隶属关系、依存关系、协同关系以及决策关系，是从可见的观察视界深入到可知视界的重要跨越。一是将政府系统的法律调整参量从可见的空间结构深化到结构关系上，既符合政府系统发展演进的客观规律，也符合法治政府研究的逻辑方法；二是从结构关系出发，勾勒了政府系统的结构边界，更加贴近权力运行的本质规律；三是对政府系统复杂结构关系的证成，充分反应出法律与政府的关系不同于一般民事或刑事法律关系，从而提出一般意义上授权与禁止的法律规范方式对于政府系统的适用性问题。基于结构关系对政府系统功效发挥具有决定性影响，政府组织法有必要改善结构体系、转换调整方式，从简单控制的法转为调整结构关系的法。　　第四章，缕析政府系统的行为关系及其法律规范，透过行为主义的外相揭示行为关系的本质和法律规范的逻辑。对“前范式”时期行为理论的综合分析表明，目前人文社会科学关于行为的界定大都是基于生物体动作的外相性描述。基于行为系统的动态性、复杂性和演变规律，从系统视界采取行为关系考察模式，是打开行为解释黑箱的可靠路径。重点缕析政府系统认识行为的内部性与法律的外部性张力、组织公民行为的能动性与合法性困境、自组织行为的创生与法律干预，反映出行为法学自乐于“法律行为”本身的局限，法律需要积极策应政府系统的“合法性困境”，既要设定权力主体的责任义务、行动原则和过程，更要协调行政行为关系，配套权力行为结果的反馈机制。　　第五章，评价政府系统的功效及其法律调控，试图理清关于法律效率的争论。基于政府系统目的性和法律经济学对法律效率的假定，探讨政府实现目标与功效的障碍、法律供给与调控维度，力图在一定程度上阐释法律的制度经济学困境。从而提出法系统是人类自组织控制系统的序参量，法律机制从来就是一种“协同”而非“和谐”的控制模式。政府系统作为人类的创造，法律对其目标和功效无法做到最优化，但法律规制方式是可选择的，既不能简单地选取“和谐—稳定”，也不能长期拘束于“异化—控制”，而可能的选择是“协调—发展”模式。　　如果说法治政府是人们历来所期盼和探究的理论问题，在当下它则更多体现的是一项系统性工程的建构实践问题。建构系统性工程就必须适用系统科学的方法，而避免用一般的规范理论将法律与政府系统完全对立起来。对于这一点，决不是为权力作辩护，只是强调：无权力则无行政，行政法不能也不会仅仅是权力的笼子，良好的行政法既要控权，也必须考虑如何授予恰当的权力并确保有效地用好权力。