政府审计是指国家审计机关依照国家法律规定，对国务院各部门和地方各级人民政府及其各部门的财政收支、国有的金融机构和企业事业组织的财务收支、以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支和财务收支进行的审计监督工作。开展工作三十年来，政府审计从单一的合规性审计向合规性审计与绩效审计相结合发展，从单纯的对被审计对象的财政财务收支审计发展到领导干部经济责任审计、国家重大政策落实情况审计和资源环境审计等多个领域。但无论审计的内容和方式方法如何变化，政府审计作为国家治理的重要组成部分，审计的目的最终是为了发挥审计“免疫系统”的预防、揭示和抵御作用。本文将政府审计处理处罚的效应具体划分为威慑效应和传染效应，在审计机关对审计单位执行处理处罚决定、发表相应审计建议后，被审计单位如果能够及时整改且整改到位，同类审计问题今后也不会在其他相关部门再次发生，政府审计才是真正发挥了威慑效应，避免了传染效应。本文参考犯罪学理论，假设政府审计在发现被审计单位的违规行为之后，对被审计单位进行处理处罚的行为对于被审计单位的后期违规程度可能产生威慑效应和传染效应两种情形，由此提出一个关于政府审计处理处罚效应的理论框架。在此基础上，本文利用审计年鉴中地方审计机关2002－2010年的数据，并参考统计局网站对应年度数据进行数据分析，分析结果表明：上交财政执行率对被审计单位的后期违规行为具有显著的威慑效应，而其他三种处理处罚执行情况并不是很好；审计机关本期的审计处理处罚执行情况对下一期的执行情况也存在威慑效应。针对发现的问题，本文主要提出了五条建议：坚持依法审计，审计处理和处罚并重，建立整改落实机制，完善预算编制制度和审计公开制度。