在中国特色社会主义新时代,深化科技体制改革,建立以企业为主体、市场为导向、产学研深度融合的技术创新体系,提升区域的协同创新能力。在区域经济发展过程中贯彻实施创新驱动发展战略,实现区域创新系统的协同高效发展,必须大力鼓励与支持区域创新系统内的多元主体广泛、深入参与协同创新活动,实现协同效应。构建区域创新系统多元主体协同创新机制并进行系统性研究,能够在理论层面上丰富知识经济和创新管理研究的具体内容,进一步充实区域创新与协同创新的研究体系;也能够在实践层面上指导我国区域经济发展,配合与指导创新驱动发展战略的实施。因此,本文聚焦中国创新驱动发展与区域协同发展新特点,构建区域创新系统多元主体协同创新机制的理论研究框架,分别对区域创新系统多元主体协同创新的驱动机制、主体行为决策机制、风险控制机制和评价机制开展具体研究,并提出区域创新系统多元主体协同创新机制的保障措施。首先,回顾和梳理国内外研究中在区域创新系统、官产学研合作和协同创新等方面取得的研究成果及存在的不足之处;以复杂性科学、三螺旋和四螺旋理论、协同创新理论为理论基础搭建研究框架,分析区域创新系统多元主体协同创新的内部作用机理,构建区域创新系统多元主体协同创新机制;对该机制的四大子机制,即驱动机制、主体行为决策机制、风险控制机制和评价机制的具体研究内容进行概括性分析。其次,分析在资源势差和利益需求下形成的区域创新系统多元主体协同创新驱动机理,将区域创新系统多元主体协同创新的驱动力分解为由自驱力和他驱力组成的内部驱动力,以及由创新环境、创新主体能力、创新主体距离组成的外部驱动力;使用参数方法,借助随机前沿函数测度内外部驱动力的驱动效率与强度;构建以内驱机制和外驱机制共同构成的区域创新系统多元主体协同创新驱动机制。再次,在确定区域创新系统多元主体协同创新利益相关者和合作原则的基础上,分析区域创新系统多元主体协同创新的具体模式;构建市场机制下企业与学研机构的博弈支付矩阵,经数值仿真考察协同合作收益、收益分配系数、赔偿系数、合作成本、关系维护成本对区域创新系统多元主体协同创新的主体合作行为决策的影响;构建政府参与下的企业与学研机构的博弈支付矩阵,通过数值仿真考察政府资助力度、政府惩罚力度对区域创新系统多元主体协同创新的主体合作行为决策的影响;构建包括合作模式选择决策机制、合作过程决策机制、利益分配决策机制和激励决策机制的区域创新系统多元主体协同创新主体行为决策机制。然后,分析区域创新系统多元主体协同创新存在的内外部风险内涵与特征,对环境风险、技术风险、资金风险、管理风险和道德风险这五大类风险类型及其包含的风险具体形式进行分析;借助风险物元与可拓算法进行区域创新系统多元主体协同创新风险预警,完成区域创新系统多元主体协同创新风险管理的实证分析;构建包括风险监测机制、风险规避机制和风险控制的保障机制的区域创新系统多元主体协同创新风险控制机制。进而,基于复合系统协调度模型,识别序参量,构建区域创新系统多元主体协同创新评价指标体系;测度我国各省区域创新系统多元主体协同创新子系统有序度和复合系统协同度,从协同度的大小、正负和波动趋势三个方面完成时间序列上的纵向对比分析和区域层面的横向对比分析;构建包括评价预备机制、评价实施机制和结果运用机制的区域创新系统多元主体协同创新评价机制。最后,结合区域创新系统多元主体协同创新的驱动机制、主体行为决策机制、风险控制机制和评价机制的具体研究结果,提出区域创新系统多元主体协同创新机制的保障措施,以期本研究能够为我国区域创新系统建设和创新驱动发展战略的实施提供有益借鉴。