在新一轮国务院机构调整中,农产品质量监管环节中的政府职能被重新整合,这在一定程度上有助于克服以往在监管方面的“九龙治水”、“部门分割”等问题,但这并不等于说,农产品质量监管中的府际协调问题就此解决。通过分析农产品质量监管机构发展的三个历史阶段,可以发现,提高监管效率、降低监管成本这一根本目标始终贯穿于监管部门间关系调整的进程。在某种程度上可以说,完善的府际协调机制对于从根本上解决农产品质量监管问题是至关重要的。因此,研究农产品质量监管中的府际协调问题,具有重大的理论价值与现实意义。本研究所探讨的农产品质量监管中的府际协调问题,包括横向府际协调与纵向府际协调两个维度,其中横向府际协调又内含部内协调与部际协调两个方面。根据调整后的国务院机构改革方案,在新整合的农产品质量监管链条中,部内协调,即农业部内部诸如安全质量中心、动物检疫所、种植业管理司等多个职能部门之问的协调问题；部际协调,包括农业部、国家食品药品监督管理总局和国家卫生和计划生育委员会三大部门之间在职能上如何有效衔接的问题；纵向协调,即从纵向关系来看,还涉及到省、市、县三级农产品安全监管机构改革后的纵向协调问题。当前,在农产品质量监管中,“利益博弈”和“条块分割”是阻碍府际协调机制建构的根本原因。除此之外,职能分工、信息共享、协调手段和奖惩机制等因素也在不同程度上影响了农产品质量监管中的府际协调效果。本研究在总结国外经验的基础上,以大部门统一管理模式和主次部门协作模式两种西方典型府际协调机制为参照,提出了创新农产品质量监管中的府际协调机制的总体思路与具体对策,即在建构与完善农产品质量监管中的府际协调机制时,要充分考虑到适用性、发展性和人际性三个方面的因素,从部际协调网络化、部内协调流程化、纵向协调一体化三个层面出发,构建三维立体的府际协调机制。