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分子标记辅助选择育种（Marker-assisted selection,MAS）与传统育种技术相比,可以快速有效的提高育种效率,降低育种成本。因此,寻找对猪生长繁殖性状有效遗传分子标记,对猪场经济效益至关重要。前期基于对贵州地方猪种进行全基因组重测序研究基础上,筛选出10个与香猪生长和繁殖相关的结构变异。采用PCR技术结合生物信息学分析方法,检测10个SV位点的群体基因型分布频率,以及与香猪生长繁殖性状的关联性。得到的主要结果如下:1.结构变异SMC1A-I15-sv320位点,位于SMC1A位于内含子15中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DD基因型和D等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。SMC1A-I15-sv320位点对香猪经产总产仔数性状和体高生长性状均存在显著影响（P<0.05）,D等位基因可能为经产香猪总产仔数的有利基因,而DD基因型为有利基因型。I等位基因可能为香猪体高生长的有利基因,而II基因型为优势基因型。2.DKK2-I1-sv91位点,位于DKK2基因内含子1中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DD基因型和D等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。DKK2-I1-sv91位点对香猪繁殖和生长性能都存在显著的影响。I等位基因为初产产活仔数和乳头数的有利基因,II基因型初产产活仔数、乳头数显著高于DD型个体;D等位基因位为香猪体长的有利基因,DD型个体体长显著高于DI型和II型个体。3.HSD17B12-I3-sv225位点,位于HSD17B12基因内含子3中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型。在香猪中D等位基因为优势等位基因,DI基因型为优势基因型,且存在多态性。HSD17B12-I3-sv225位点对香猪繁殖性能无显著影响（P>0.05）,但对香猪体高性状存在显著影响（P<0.05）。D等位基因为香猪体高的有利基因,DD型和DI型个体的体高都显著高于II型个体;I等位基因为影响香猪胸围和管围的有利基因,DI型个体的胸围显著高于DD型个体,II型个体的管围高于DD型个体。4.IBSP-I4-sv277位点,位于IBSP基因内含子4中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DD基因型和D等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。IBSP-I4-sv277位点对香猪生长繁殖性状存在显著影响（P<0.05）。DD型个体经产总产仔数显著高于II型个体,II型个体的腹围显著高于DI型个体。5.BMP6-I6-sv29位点,位于BMP6基因内含子6中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DI基因型和I等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。BMP6-I6-sv29位点对香猪生长和繁殖性状存在显著影响（P<0.05）。DD型个体初产产活仔数和经产总产仔数显著高于DI型个体;DD型个体体重和管围显著高于DI型和II型个体。6.NBEA-I32-sv366位点缺失366 bp,位于NBEA基因内含子32中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DI基因型和I等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。NBEA-I32-sv366位点对香猪生长和繁殖性状存在显著影响（P<0.05）。II型个体初产产活仔数显著高于DD型个体;DI型个体的腹围显著高于DD型个体;II型个体的管围显著高于DD型个体。7.MCU-I1-sv433位点缺失433 bp,位于MCU内含子1中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型。在香猪中DI基因型和I等位基因中占优势,且存在多态性。MCU-I1-sv433位点对香猪生长和繁殖性状存在显著影响（P<0.05）。DI型个体经产总产仔数和产活仔数显著高于DD个体;II型个体体宽、胸围以及腹围都显著高于DD型个体,II基因型估计育种值分别为0.62、3.10和3.68。8.LCORL-I4-sv426位点缺失426 bp,位于LCORL基因内含子4中,香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DD基因型和D等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。LCORL-I4-sv426位点位点对香猪生长和繁殖性状存在显著影响（P<0.05）。DI型个体初产产活仔数显著高于II型个体高;II型个体的体高显著高于DI型个体.9.SH3BP5-I3-sv547位点缺失547 bp,位于SH3BP5基因内含子3中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,DI基因型和D等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。SH3BP5-I3-sv547位点对香猪繁殖性能存在显著的影响（P<0.05）,而对香猪的生长性状无显著影响（P>0.05）。DD型个体的初产总产仔数都显著高于DI型和II型个体,而在其余繁殖性状中不同基因型均无显著差异。10.STPG2-I6-sv310位点缺失310 bp,位于STPG2内含子6中,在香猪和大白猪中均检测到DD、DI和II三种基因型,在香猪中DI基因型和D等位基因在两种猪种中占优势,且均存在多态性。STPG2-I6-sv310位点对香猪繁殖性能存在显著的影响（P<0.05）,而对香猪的生长性状无显著影响（P>0.05）。DI型个体和II型个体的经产总产仔数均显著高于DD型个体,而不同基因型的香猪生长性状均无差异。