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后基因组时代,生物信息数据指数增长,由此形成了数以百计的生物信息学数据库。如何将这些异构的生物信息资源进行整合利用,成为当前生物信息学亟待解决的问题。XML是互联网上数据表示和交换的标准。在生命科学领域,XML也已开始成为表示和储存复杂的生物学数据的一种标准。采用XML格式表达生物数据,能够解决生物数据传输、发布以及整合的大部分问题。基于XML技术进行生物信息的整合应用,是目前生物信息研究的热点及重点。
本研究采用XML和Java技术构建了异构生物信息整合系统BIO&XJ。BIO&XJ结合关系数据库(RDBMS)和NativeXML数据库(NXD)作为后台数据库,存储和管理收集到的异构生物信息;利用JSP技术构建网络数据库,以XML形式的半结构化数据进行信息的动态发布。基于BIO&XJ,对SARS相关的异构生物信息进行了整合。
BIO&XJ具有灵活性、可移植性、高效性和轻便性等特点,有利于方便、快捷地整合利用各种异构生物信息资源,为实现异构生物信息的存储、检索和传输提供了一种新的解决方案。