随着市场经济和信息科学技术的快速发展，企业面临的经营环境变化也更加剧烈，而内部审计部门作为公司治理的重要组成部分，在对公司的决策、经营风险控制和管理中起着关键性的作用，这就要求公司内部审计主体在动荡多变的环境中能够快速的应对变化和处理不确定事项。内部审计系统刚柔耦合性作为应对内部审计环境变化和处理系统不确定性，驾驭审计风险，确保审计质量以及提高内部审计决策效率，帮助改善公司治理和增加组织价值的重要方法，它是内部审计系统所表现出的一种综合预应能力，也是内部审计系统所具有的内在属性。因此，对内部审计系统刚柔耦合性生成机理及测度进行研究具有十分重要的理论价值和实践指导意义。本文以组织柔性理论、组织刚性理论、内部审计理论框架、复杂自适应系统理论、权变理论和灰靶理论为基础，从界定公司内部审计系统刚柔耦合性内涵入手，通过分析公司内部审计系统刚柔耦合性生成要素，即：内部审计环境、内部审计本质、内部审计假设、内部审计资源、信息和能力、内部审计规范、内部审计目标、内部审计决策和控制和内部审计信息质量的适应度，揭示内部审计系统刚柔耦合性生成机理及运行模式，并对内部审计系统刚柔耦合性生成动力的影响因素进行分析，构建了内部审计系统刚柔耦合动力框架，在此基础上，参照波特价值链分析框架建立公司内部审计系统刚柔耦合性测度指标体系，以4家高科技上市公司为例，运用灰靶理论模型对公司内部审计系统刚柔耦合性进行测度评价，最后从内部审计系统刚柔耦合生成动力的影响因素入手，从建立有效的内部审计组织模式、提升内部审计主体管理水平和提高内部审计主体素质与技能等几方面给出改善内部审计系统刚柔耦合性的建议。