论文部分内容阅读
该论文分别从盐藻基因组DNA和总RNA中通过PCR扩增获得盐藻Psy基因的DNA和cDNA片段,并对所得序列进行相关的生物信息学分析.根据两种藻Dunaliella bardawil,Haematococcus pluvialis和六种植物Arabidopsis thaliana,Oryza sative,Tagetes erecta,Lycopersicon esculentum,Capsicum annuum,Daucus carota的Psy基因氨基酸保守序列设计上游引物F:5-GAGTACGCCAAGACCTTCTA-3,下游引物R:5-GTTGTCATAGTCATTCTTCTC-3.以盐藻基因组为模板,以46℃至35℃每循环递减0.5℃的退火温度扩增获得的大小约为2490bp的片段,经NCBI/BlastP同源性分析推测其为Psy基因的部分片段.根据2490bp片段5端和3端的核苷酸序列分别设计上游步移引物UWR:5-GTGCGTGGCTTGAGCGGCTTAGAAATG-3;下游步移引物DWF:5-ATGGTCATCACAGCGGCTTGCTTCACAG-3.通过抑制性PCR,步移获得盐藻Psy基因的完整序列.盐藻Psy基因全长2982bp.根据盐藻Psy基因全序列起始和终止密码子附近的序列设计引物,上游特异性引物:5-TATACGCGTTTATGCCCTCCACTTCCG-3下游特异性引物:5-TTTGAGCTCGACTACTGTGGGCTCTTGGG-3以盐藻总RNA为模板,RT-PCR扩增获得盐藻Psy基因的cDNA片段.盐藻Psy基因cDNA全长1260bp.该序列已提交至GenBank,接受号为AY601075.通过分析比较盐藻Psy基因DNA及cDNA序列可以推测盐藻Psy基因含有4个内含子和5个外显子,内含子大小分别为720bp,292bp,251bp和459bp.根据盐藻Psy基因cDNA序列推测的盐藻PSY氨基酸大小为47.3kD,等电点为8.67.隐藏Markov模型预测在盐藻PSY蛋白质的前20个氨基酸中可能存在一段信号序列,以帮助蛋白的转运.多重序列对齐分析结果也表明Psy基因的功能区起始于盐藻PSY氨基酸序列的119个氨基酸处,之前的118个氨基酸可能与蛋白的转运有关.比对分析发现:盐藻PSY氨基酸序列与D.bardawil PSY氨基酸序列的一致性为81﹪,相似性为89﹪;与H.pluvialis PSY的一致性为70﹪,相似性为80﹪;与O.sative PSY的一致性为68﹪,相似性为81﹪;对9种植物,2种藻,3种蓝细菌和7种细菌的PSY氨基酸序列进行进化分析,结果表明藻类PSY与蓝细菌PSY亲缘关系最近,与细菌PSY亲缘关系最远.