【摘 要】
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第一部分 筛选头颈鳞状细胞癌的核心基因并进行临床预后评价背景和目的:头颈部恶性肿瘤是困扰耳鼻喉科医生的难题,鉴定新的生物标志物是头颈恶性肿瘤诊断、治疗以及预后的迫切需要。方法:本研究中,在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas TCGA)数据库下载基因表达数据以及临床数据,在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE
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第一部分 筛选头颈鳞状细胞癌的核心基因并进行临床预后评价背景和目的:头颈部恶性肿瘤是困扰耳鼻喉科医生的难题,鉴定新的生物标志物是头颈恶性肿瘤诊断、治疗以及预后的迫切需要。方法:本研究中,在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas TCGA)数据库下载基因表达数据以及临床数据,在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE23036,分别对两组表达数据筛选差异表达基因,并且进行基因共表达网络(WGCNA)分析,明确与HNSCC相关的基因模块和hub基因,对疾病相关基因模块的基因进行GO和KEGG分析,了解模块基因通路。为进一步了解hub基因与HNSCC预后的相关性进行了 K-M分析,计算HNSCC的总生存率,并且检索GEPIA2数据库中hub基因的无病生存率。在组织层面上,检索了 HAP数据库中HNSCC组织中hub基因的表达情况。结果:在TCGA数据库表达数据和GEO基因芯片数据集中分别鉴定出2836和570 DEGs。我们发现无论是TCGA数据库中的表达数据还是GEO数据库中的表达数据,在WGCNA分析中绿色模块与HNSCC的相关性最高,在经过DEGS结果以及WGCNA分析结果取交集,获得15个疾病相关基因,并进行深入研究发现Kaplan-Meier分析提示TXNRD1基因高表达组生存率小于低表达组(P=0.044),在人类蛋白质图谱数据库中,我们发现转录水平和正常水平的正常组织相比,HNSCC中TXNRD1过表达,综合以上分析提示TXNRD1基因可能是头颈鳞状细胞癌潜在标志物。结论:我们的结果表明TXNRD1可能是头颈鳞状细胞癌潜在生物标志物。第二部分TXNRD1基因在鼻咽癌细胞增殖、侵袭、转移的影响背景和目的:在前期工作中我们筛选TXNRD1作为检测和预测头颈鳞状细胞癌预后的潜在生物标志物。目前尚未有TXNRD1鼻咽癌细胞中的表达情况,为研究TXNRD1基因对鼻咽癌细胞增殖、侵袭、转移的影响,开展本研究工作。方法:通过RT-PCR、Western Blot监测5-8F、HNE1鼻咽癌细胞系中TXNRD1的表达情况。设计小干扰RNA,沉默5-8F或HNE1细胞系中TXNRD1,通过RT-PCR和Western Blot检验该基因敲除效果。对照组为5-8F或HNE1细胞系不做处理。通过CCK-8检验细胞增殖能力,Transwell实验监测细胞迁徙和侵袭能力,流式细胞术分析细胞周期和细胞凋亡。结果:1.TXNRD1在5-8F细胞中呈现高表达,在HNE1细胞中呈现低表达。2.在5-8F及HNE1鼻咽癌细胞系TXNRD1的三个靶点中(siTXNRD1-1、siTXNRD1-2、siTXNRD1-3),沉默 siTXNRD1-2 后 TXNRD1 表达下降是最明显。3.沉默TXNRD1基因后鼻咽癌细胞的增殖能力、迁移能力及侵袭能力下降,细胞凋亡指数增加,鼻咽癌细胞主要停滞在G0/G1期,阻碍鼻咽癌细胞周期的进展,不利于鼻咽癌细胞的增殖。结论:经过生物信息学分析以及细胞验证,研究发现沉默TXNRD1基因促进鼻咽癌细胞的凋亡,可以推测TXNRD1基因是鼻咽癌细胞促癌基因,但其通过何种信号通路进行调控将需深入研究。
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