【摘 要】
:
胃癌是世界上最常见的一种消化系统肿瘤.由于胃癌发病隐匿的特性,所以早期症状不明显,就诊时大多数已经是晚期.目前,临床尚无针对胃癌的早期特异性诊断和有效的治疗方法.因此,开发新的与早期诊断相关的方法是目前研究的重点.在癌症研究中,分析基因数据集,筛选与癌症发生发展相关的基因,可以为临床对疾病的诊断提供科学依据.本研究采用综合的统计学和生物信息学方法从基因表达数据集中筛选与胃癌相关的hub基因,并进一
论文部分内容阅读
胃癌是世界上最常见的一种消化系统肿瘤.由于胃癌发病隐匿的特性,所以早期症状不明显,就诊时大多数已经是晚期.目前,临床尚无针对胃癌的早期特异性诊断和有效的治疗方法.因此,开发新的与早期诊断相关的方法是目前研究的重点.在癌症研究中,分析基因数据集,筛选与癌症发生发展相关的基因,可以为临床对疾病的诊断提供科学依据.本研究采用综合的统计学和生物信息学方法从基因表达数据集中筛选与胃癌相关的hub基因,并进一步选取研究对象CDK1,探讨CDK1的表达与胃癌临床特征之间的相关性以及该基因作为胃癌独立预后因子的可能性.针对这两个方面,本文通过大量的文献研究,进行了如下工作:方法与结果(1)首先,从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE79973,然后利用Limma包鉴定差异表达基因(DEGs),从该数据集中共鉴定出1269个上调和330个下调基因.其次,利用STRINGV11数据库构建了DEGs的蛋白-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过11种拓扑分析方法计算hub基因,筛选得到了11个hub基因.然后通过分子复合物检测(MCODE)插件提取了网络中得分最高的聚类模块,发现该模块中包含上面选出来的11个hub基因.最后,为了探索这11个hub基因在GC发病机理中的作用,对这些基因进行了GO功能和KEGG富集分析,发现这些基因参与了与癌症相关的多种功能和途径,其中与GC显著相关的通路有细胞衰老、细胞周期、病毒癌变和p53信号通路.Kaplan-Meier分析显示11个hub基因中有10个与GC患者的总体生存率有关.为了验证上述方法的有效性,又下载了一组GEO数据GSE19826,采用和上面相同的方法进行研究,结果表明上述11个hub基因中有10个基因被选出来.此外,将上述方法的结果与单变量、多变量Cox分析和Lasso回归分析的结果进行比较,验证了11个hub基因中的七个基因(C3、CDK1、FN1、CCNB1、CDC20、BUB1B和 MAD2L1)与GC显著相关.(2)下载胃癌的TCGA数据和相应的临床特征信息.首先,通过四种拓扑分析方法取交集选择了四个hub基因,并发现CDK1在四种方法中均排名第一,所以将CDK1列为重点研究对象.采用Limma包和Wilcox检验分析了CDK1在癌旁组织与胃癌组织中的表达情况,结果表明CDK1的表达水平在胃癌组织中显著高于癌旁组织.其次,利用Logistic回归方法分析了CDK1的表达与这些临床特征的相关性,结果表明CDK1的表达与分期和分级显著相关.最后,利用Kaplan-Meier数据库做了生存分析,结果表明CDK1高表达组的生存率显著低于低表达组.并通过单变量和多变量Cox分析了CDK1的预后价值,结果表明CDK1可能是胃癌患者的独立预后因子.最后,采用多因素GSEA富集分析探索CDK1的潜在生物学功能,结果表明CDK1的表达与前列腺癌、小细胞肺癌、胃癌、WNT信号和T细胞受体信号等通路显著相关.结论(1)C3、CDK1、CCNB1、BUB1B、MAD2L1、FN1和CDC20最有可能成为胃癌的独立预后生物标志物.(2)CDK1可作为胃癌的独立预后因子,有望成为分子靶向治疗的新靶标
其他文献
原子核形状共存涉及壳结构演化、集体性微观起源等重要科学问题,是当今核物理研究的前沿热点问题之一。自2000年发现186Pb中的三形状共存,到最近实验证实在110,112Cd核中存在多重形状共存现象以来,它改变了人们对传统核结构的认知,同时也对核理论模型提出了新的挑战。目前研究原子核形状共存所采用的理论方法主要有组态相互作用壳模型和密度泛函理论,尤其是密度泛函理论可对整个核素版图开展全局研究,且在描
对于教师的专业发展而言,除了要依托于教育制度、学校培训等外部的力量,更重要的还是在于教师内心的觉醒。教师的专业发展不仅仅是技能和素养的提升,更重要的是自我意识水平的提升,在这个方面,正是教学敏感性能够帮助教师超越“理所当然”的现实,超越习以为常,使教师的意识水平、自身对外界的敏感性不断提升,并且教学敏感性总是与具体的教学情境相伴而生,这一过程中也总是伴随着全新的问题与不同的解决方案,使得“教学”成
有机发光二极管(OLED)具有诸多潜在的优势在显示器领域中备受瞩目,比如质量轻薄,制作工艺简单和高分辨率等。通常情况下,OLED的重要组成部分是中心发光层的发光材料,其中包括荧光材料和磷光材料,这直接影响到器件的整体性能,本文主要基于有机发光二极管中有机磷光材料展开探索。我们基于密度泛函理论(DFT),含时密度泛函理论(TDDFT),量子力学/分子力学(QM/MM)以及分子动力学(MD),研究了有
微小光学领域主要研究内容包括在纳米至毫米级光学元件上发生的光学效应,以及研制这些光学元件的光学微加工工艺技术。光栅在衍射复合成像效应中扮演着重要的角色,因此本文将以二维振幅光栅为对象,着重研究球面波照射光栅的泰伯效应,揭示其成像规律以及成像特点,并讨论分析球面波以及平面波照射光栅的泰伯效应的区别和联系。光栅的泰伯效应是指衍射自成像现象,该现象是在不使用透镜的情况下,仅仅依靠光源在光栅上发生衍射,并
近年来,卤化物钙钛矿因具有可调的发射光谱、高效的荧光量子产率、简单的溶液制备等特点,被广泛应用于发光二极管等光电领域。特别地,宽带发射材料的发现不仅拓展了材料的选择范围,还有望在多色宽带发光器件、连续光谱可调谐激光器、闪烁体、光电探测器、荧光传感器和波导等方面得到应用。然而目前还缺乏对宽带发射的发光机制和性能调控的系统研究,结构物性关系尚不清楚,高效发光的宽带发射材料的设计仍然面临挑战。此外铅基材
本文针对分块观测数据,应用BM和POT的混合方法构造重尾指数估计量.设{Xn,n≥1}是相互独立且服从同一未知分布的随机变量序列,将样本X1,X2,…,..Xn分成若干块,利用每一块样本的顺序统计量来构造重尾指数估计量,从理论上证明了估计量的相合性和渐近正态性,并通过随机模拟对其估计效果进行探讨.全文主要由三个部分组成,第一部分在Qi(2010)[41]的工作之上,结合传统的POT方法构造了一类二
针对可以完整观测的样本,学者们已经提出了非常多的极值指数估计量,并证明了这些估计量具有良好的渐近性质.然而,当来自重尾分布的样本数据是随机右删失时,已有的针对删失样本的估计量,仍面临偏差和均方误差急剧增大的问题.鉴于此,本文将提出三类基于随机右删失样本的极值指数估计量.全文主要分为四大部分:从Gomes和Martins[32]构造广义Hill估计量的方法中得到启发,第一部分向Worms和Worms
数据可视化是把大量信息融入图像的高效沟通方式,数据可视化图表是其承载的主要形式。信息技术的进步,生活方式的改变,让记录事件成为习惯。这样的行为让人类社会的数据量呈指数级上升,大数据产生并运用于各个行业,发挥着巨大价值。如果没有信息技术的支撑,信息的存储还停留在较低水平。数据可视化作为高效传达信息的方法,不断被专业人士使用。专家和公众运用语言的差异造成了他们对于一些理论和数据理解的鸿沟。数据可视化可
本文主要研究了如下有界域I=[-l/2,l/2]上带乘法噪音的非自治时滞KS方程解的长时间行为.首先介绍了随机动力系统,随机吸引子,随机KS方程的研究背景以及研究现状.接着回顾了随机拉回吸收集,随机动力系统的渐近紧性等的定义,特别是随机吸引子的存在性定理.然后作为一个用随机动力系统的方法研究随机微分方程的例子,证明上述KS方程吸引子的存在性如下.第一步,给出由上述随机微分方程所决定的随机动力系统的
多目标决策分析是解决经济和管理问题的重要方法.本文利用鲁棒方法研究了目标函数和约束函数受不确定性数据扰动下的多目标优化问题.通过引入一个新的约束规格,它可以被看作是现有约束规格的扩展.通过该约束规格以及利用Mordukhovich次微分和Clarke次微分,得到了鲁棒-拟弱有效解的Karush-KuhnTucker型最优性必要条件,并且在(严格)伪-拟广义凸性假设下,给出了(UMP)的鲁棒近似临界