近些年,家禽新发传染病不断地出现给养禽业带来了严重的损失,实现疾病的快速诊断对于养禽业的发展具有重要意义。目前临床上出现了很多非典型症状且利用传统检测方法无法确诊的病例,给疫病的防控带来一定困难。本研究旨在利用病毒宏基因组学技术检测临床上难以诊断的病鸡样品,为临床诊断提供依据,同时也为新病毒的发现以及其病毒学研究提供一定的基础。利用宏基因组学技术对呼吸道症状明显的肉鸡进行取样检测,共获得2821条重叠群（contig）序列,经过生物信息学分析,测得的序列对应到多个病毒,包括鸡细小病毒（Chicken parvovirus,Ch PV）、微RNA病毒新属Sicinivirus、微RNA病毒（Picornavirus）、禽星状病毒（Avastrovirus）、肾炎病毒（Nephritisvirus）,分别占比3.5%（101/2821）、2.5%（73/2821）、0.8%（23/2821）、0.1%（3/2821）和0.1%（3/2821）。另外检测了同批健康鸡的样品,共获得483条contig序列,经BLAST分析,未匹配到病毒。对其中Ch PV和Sicinivirus序列进行了分析,在Ch PV的序列中有两个片段匹配到了非结构蛋白（NS）基因,两个片段与参考株的氨基酸同源性分别为73.4%～76.6%、94.3%～99.4%,两个片段之间的氨基酸同源性为74.7%;一个片段匹配到了核蛋白（NP）基因,与其他参考毒株的氨基酸同源性为69.3%～99.0%;一个片段匹配到了衣壳蛋白（VP）基因,与其他参考毒株的氨基酸同源性为74.0%～96.6%。Ch PV各个节段的遗传演化结果显示,多数片段与美国的细小病毒有着较近的遗传距离,其中一个NS基因片段序列变异程度大,独自处于一个大分支。得到了Sicinivirus 10个基因组节段的部分或全部的核苷酸序列,包括L（1379 nt）、VP1（537 nt）、VP0（1022 nt）、VP3（617 nt）、2A（587 nt）、2B（587 nt）、2C（1019 nt）、3A（444 nt）、3C（509 nt）、3D（1415 nt）节段,未测得3B节段序列。同源性分析结果显示,各节段与国内外参考毒株的同源性均在91%以下,具有高度的变异性。用普通PCR对原始病料样品中的Ch PV和Sicinivirus进行了验证,验证结果阳性。序列分析结果表明样品中含有多株Ch PV序列,一株可能是新的变种,其他株可能是由美国细小毒株变异而来。测得的Sicinivirus各节段序列较已知序列均变异较大,提示可能是新的变种。对一份鸡胚培养物样品进行了检测,共获得94条病毒相关contig序列,其中禽白血病病毒（Avian leukosis virus,ALV）contig序列78条、禽呼肠孤病毒（Avian reovirus,ARV）contig序列13条、潘多拉病毒（Pandoravirus）contig序列3条。其中,ALV的测序结果比对到了完整的囊膜糖蛋白基因（gp85）,基于该基因的同源分析结果表明,样品中的ALV属于E亚群。另外,得到了呼肠孤病毒10个基因节段的部分核苷酸序列,各节段与国内外参考毒株的同源性均在91%以下,变异程度较大。综上,该样品存在ALV,ARV混合感染,并且ARV基因存在高度的变异,提示可能是新的变种。本研究对两组肉鸡临床样品进行了病毒宏基因学分析,并从测序结果中得到了鸡细小病毒、Sicinivirus、微RNA病毒、禽星状病毒、肾炎病毒、禽白血病病毒、禽呼肠孤病毒等病毒序列,为诊断提供了一定的依据,并为宏基因组学技术在肉鸡病原检测中的应用奠定了基础。