东亚钳蝎部分毒素基因组基因多序列比对分析

来源 :沈阳药科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zeuswugeng
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查阅文献并通过Entrez检索NCBI数据库(www.ncbi.nih.nlm.gov),搜集目前已知的东亚钳蝎基因组基因序列,将获得的基因组基因序列存为FASTA格式的文本文件。逐个将基因组基因序列附加进入ClustalX1.83软件,运行多序列联配,生成多序列联配文件。利用MEGA软件,将由ClustalX1.83软件生成的多序列联配文件转换为MEGA文件,进行编辑后输出,构建neighbor joining(NJ)树。从结果来看,神经毒素结构与功能密切相关,Na~+通道神经毒素和K~+通道神经毒素构成了无根树的两个主要的树枝,Ca2~+通道神经毒素位于K~+通道神经毒素树枝的边缘,而Cl~-通道神经毒素隐藏在K~+通道神经毒素的树枝中。以东亚钳蝎为原料,用蛋白酶K消化细胞,再用酚、氯仿除蛋白质,最后用乙醇沉淀DNA。以提取的东亚钳蝎DNA为模板,PCR扩增AGAP2成熟肽基因,将所获得的PCR产物进行电泳,将目的片段胶回收,双酶切后连于同样粘性末端的pET28a中,连接产物转化E.coli DH5α感受态细胞,涂板于卡那霉素的固体LB平板上,37℃培养过夜。挑选阳性重组菌落,经LB液体培养基培养12h后,提取质粒进行PCR扩增验证后,选出含有目的片段的阳性菌落,采用SSCP法筛选出有差异的菌落。测序后确定AGAP2的基因组基因序列,从琼脂糖宁焦点用和测序结果来看,AGAP2成熟肽编码区中没有内含子存在。这是基因组基因成熟肽编码区没有内含子的又一个例证。
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