事业单位在社会服务和管理方面扮演着重要的角色,与我们的生活息息相关,并且掌控着社会的一部分资源,因而在一定程度上影响着财政资源的合理配置。作为许多事业单位财务管理部门所采纳的一项制度,国库集中支付制度对于我国事业单位的健康稳步发展有着积极意义,该制度顺应形势发展成为财政这些年非常重要的改革工作。因此,本文从现阶段我国国库集中支付制度的具体实施情况入手分析,分析政策实施的现状,并对国库集中支付制度改革进行研究并且找出对事业单位财务管理的影响及作用,此外,分析国库集中支付制度的优势,让其充分发挥作用,进而继续推进国库集中支付制度的改革,对于促进我国现代公共财政体系框架建设具有深远意义的影响。笔者采用调查问卷的方法,以内蒙古自治区西部地区三个盟市的13个地区90个事业单位为研究对象,利用问卷调查的形式向事业单位的财务管理人员搜集到了第一手的数据和资料,并且经过科学分析得出结论。研究结果发现,在事业单位中预算管理、内部控制制度、公务卡制度和会计核算方面都存在不同程度问题。事业单位财务人员对预算管理的认识不够系统和全面。内部控制制度不能够得到有效执行,部分单位对公务卡支出刷卡消费的事前控制和事后监督较薄弱,这些问题阻碍了支付制度在事业单位的顺利进行。最后,笔者从财务管理观念,事业内部控制等方面提出了事业单位财务管理合理发展的政策建议：规范单位会计核算工作,健全会计核算体系；加强后台监控,弥补制度漏洞；完善单一账户体系,扩大集中支付资金比例,分月、分季度进行人员培训,使财务人员的专业素养得到进一步提升。本文对国库集中支付下的事业单位财务管理面临的风险进行了评估,提出了可行性强的政策建议,为我国未来国库集中支付制度的改革提供良好的指导意义,为我国未来合理管理事业单位,合理分配社会资源提出合理建议。