双层股权结构下对股票上表决权和财产性权利的非比例性配置突破“一股一权”股权结构的局限,满足股东异质化的需求,为公司创始人股东保留公司控制权提供了一种新的融资途径。但因为公司股票上所承载的表决权不同直接股东类型划分为超级表决权股东和普通股股东,股票类别的多样化将股东关系复杂化,冲击原有的公司治理体系。表决权的差异化配置造成双层股权结构公司存在控制权集中的现象,超级表决权股东牢牢掌握公司的控制权,在提高公司决策的效率、降低公司两权分离带来的代理成本的同时也造成普通股股东在公司中的弱势地位。根据法经济学的观点,代理成本主要来源于为避免受托人损害委托人的利益而对其进行监督所产生的费用,“一股一权”结构的公司,所有权与经营权的分离产生代理成本,在双层股权结构下,代理成本主要产生于普通股股东和超级表决权股东之间的有效代理关系,因此传统公司法为调整两权分离产生的代理成本所做的制度设计在采用双层股权结构的公司失灵。我国之于双层股权结构的规定集中体现上海证券交易所公布的《科创板上市规则》中,因为《公司法》的缺位导致我国在双层股权结构上的立法体系不完善。基于对域外经验的总结及对我国证券市场国情的考察,制度设计的时候不仅要平衡不同类别股东彼此间的利益,更重要的是把握公法与私法之间的界限,在尊重自治的私法规则基础上调整公司法。展开而言就是在保障股东自治的前提下,从限制超级表决权股东的表决权权限和为普通股股东赋权这两个方面设计投资者保护机制,通过改变公司内部原有的监督机制和增设类别股东大会制度等方式,充分提高普通股股东在公司重大事项表决中的话语权,从而弥补双层股权结构公司存在的内部监管被弱化的问题,进而解决双层股权结构公司存在的代理成本问题,并为证监会及证交所的监管提供上位法指引。此外,就目前的《科创板上市规则》中对双层股权结构公司的规定来看,仍然存在着对信息披露制度制度规定不够完整的缺陷,通过强化信息披露才能充分保障普通股股东的知情权,其次应当增设期限型日落条款,让双层股权结构真正发挥其制度价值。