本研究通过克隆与测序线粒体控制区全序列，采用单核苷酸多态性(SNP)技术对河北、北京地区大仓鼠，山东地区黑线仓鼠、黑线姬鼠与社鼠种群的遗传多态性进行了研究，探讨了不同地理大仓鼠种群，黑线仓鼠、黑线姬鼠与社鼠种群遗传结构分布的形成原因，并对其之间的序列变异水平进行分析。主要研究结果如下： 1.通过对河北省饶阳县、顾安县、北京市顺义县大仓鼠线粒体控制区SNP的比较分析，结果表明顾安县与顺义县大仓鼠的线粒体控制区的核苷酸变异频率只有0.01％，而饶阳县与顾安县、顺义县大仓鼠的核苷酸变异频率分别高达17.3％、17.4％。在地理位置上，由于饶阳县与顾安县、顺义县相隔较远，加上河道阻隔，使得不同地区的大仓鼠种群在长期的地理隔离和片段化生境中缺乏基因交流，逐渐形成了本地区特有的基因类型。 2.通过对山东地区黑线仓鼠种群、黑线姬鼠种群及社鼠种群线粒体控制区SNP的比较分析，结果表明该地区黑线仓鼠、黑线姬鼠及社鼠各个种群的遗传结构相对单一，进化速度较慢，各鼠种的核苷酸变异频率均低于0.01％。其中原因可能是少有外来物种入侵造成了同一地区种群之间亲缘关系较近。 3.由大仓鼠、黑线仓鼠、黑线姬鼠、社鼠线粒体控制区全序列比较图谱推论线粒体控制区全序列约200～600bp段最为保守，进化速率较慢，适于鼠类系统进化分析。