随着经济与贸易的全球化，港口已经成为各种运输方式交汇的高效集散中心和功能强大的综合性物流枢纽，内外部环境的变化促使港口采用港口供应链的管理和发展模式。“门到门”运输模式的提出及港口服务功能的拓展使得多式联运成为港口供应链的集运模式，这不仅是港口供应链的一种重要构建方式，其过程的优化更是减少供应链运作成本，提高管理效率的关键环节。　　 本文主要研究与运输商联合的港口供应链模式的结构及特征，在此基础上提出了运输方式与运输路径集成优化模型，并通过智能优化算法求解验证模型的合理性，为运输商和港口管理者在运输决策时提供合理的依据。通过对当前国内外港口供应链和运输问题研究的综述和分析，确定了不同研究问题对港口供应链概念的界定，并从港口供应链的构建以及对港口供应链中与运输商联合的视角对港口供应链理论进行透彻思考，从运输方式选择、运输路径选择以及运输模型的构建几个角度对港口供应链中运输问题进行分析。基于港口供应链的运输决策问题，提出运输方式与运输路径选择集成优化模型，采用粒子群-蚁群双层优化算法对模型进行求解，解决了多节点、多方式、多路径的运输网络优化问题，并结合国内煤炭运输对模型检验，验证了模型的合理性。