多鳞四指马鱼友（Eleutheronemarhadinum），暖温性海产鱼类，性活泼，一般分布在南海、东海。具有生长速度快、肉质细嫩鲜美、盐度适应范围广等优点。多鳞四指马鱼友可开发成为适合我国东海区和长江口的养殖与增殖放流对象，开发应用前景广阔。多鳞四指马鱼友已被FAO作为重点推广的海水养殖鱼类品种。本文利用多变量形态度量学方法结合AFLP分子标记技术，对4个不同地理群体的多鳞四指马鱼友的形态差异和遗传变异进行了分析，筛选出了跟生长有关的特异性条带，掌握了多鳞四指马鱼友4个群体的形态特征和遗传变异，为多鳞四指马鱼友的种群鉴别和形态分类提供了一定的生物学基础。1.多鳞四指马鱼友四个地理群体的形态差异针对多鳞四指马鱼友（Eleutheronemarhadinum）群体分布广泛，种群结构不明等突出问题，本实验分别采集了来自江苏东部海域（QD）、广东湛江附近海域(ZJ)、上海崇明附近海域(CM)、海南琼海附近海域(QH)4个地理群体共计144个样本，借助多变量形态度量学方法对4个地理群体的形态变异进行了研究，为多鳞四指马鱼友不同地理群体结构研究提供资料。本文对144个样本数据校正后进行聚类分析、主成分分析和判别分析比较了4个群体间的形态差异。聚类结果表明，4个群体分为两支，CM和QD群体欧式距离最为接近，聚为一类；ZJ和QH群体聚为一类。CM、QD群体和ZJ、QH群体亲缘关系较远。主成分分析结果显示，可量数据和框架数据共计32项形态参数中，后背部和头部特征对各群体间的差异贡献率最大。运用判别分析建立4个群体的判别函数，其综合判别准确率为87.4%。分析结果显示多鳞四指马鮁4个地理群体在形态上已产生了一定程度的差异，应用以上三种多元分析方法可以将各地区群体大致分开来。2.利用AFLP技术筛选与多鳞四指马鱼友快速生长相关的分子标记AFLP技术可以应用在水生动物的遗传育种等方面，可利用分子标记技术研究其遗传背景，筛选与经济性状紧密相关的分子标记，在新品种选育前期就能实现对优良经济性状的选择，从而加快育种进程，培育出新品种。利用分子标记技术筛选生长、抗逆等分子标记。本实验以养殖群体为研究对象，挑选出快速生长的、表现出显著生长优势的多鳞四指马鱼友个体，采用AFLP技术对多鳞四指马鱼友快速生长群体和对照组进行遗传差异分析，利用28对引物对两个群体共计56个个体进行扩增片段长度多态性分析，共扩增1015条条带，平均每对引物扩增34条带，其中多态性条带605条，多态率为59.6%。经过Popgene软件分析比较发现，快速生长群体的遗传多样性略高于对照组，种质资源处于良好状态。筛选出了可能与生长性状相关分子标记，为多鳞四指马鱼友生长性状基因定位、分子标记辅助育种奠定基础。3．应用AFLP技术分析多鳞四指马鱼友不同地理群体的遗传多样性多鳞四指马鱼友（Eleutheronemarhadinum）是一种分布较广的名贵经济鱼类。为研究多鳞四指马鱼友不同地理群体的遗传多样性，本文应用AFLP技术分析了江苏东南部近海海域（QD）、广东湛江近海海域（ZJ）、上海崇明长江口附近水域（CM）和海南琼海近海海域（QH）4个地理群体的遗传特征和群体分化。120尾个体样品、8对引物组合共扩增246条带，多态性条带为128条，多态性比例为53.4%。群体ZJ扩增位点最多，多态性比例也最高，群体内的Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数变化趋势一致，均为CM<QD<QH<ZJ。总的遗传分化指数Fst为0.1012，表明10.12%的变异来自于群体间，90.88%的变异来自于群体内个体间。聚类分析表明，各群体间的遗传相似性系数在0.8918~0.9287之间，遗传距离在0.0739~0.1145之间，其中群体ZJ和群体QH间的遗传距离最近，为0.0739。