本论文综述了根瘤菌多样性、分类和多相分类技术的研究进展,在数值分类的基础上,利用PCR-RFLP技术对35株黄华属根瘤菌的16S rDNA,nodA和nifH 3个基因片段的指纹图谱进行了研究。首次系统地对西北部分地区黄华属根瘤菌进行了表型和遗传多样性及系统发育研究,初步确定了黄华属根瘤菌的系统发育地位。对黄华属根瘤菌进行105项生理生化指标测试,结果表明黄华属根瘤菌具有及其广泛的碳、氮源利用谱,具有较强的抗逆能力,如60%的菌株可以耐受3%的NaCl,对抗生素及染料也有较好的抗性,如能耐某些高浓度(300μg/mL)的抗生素,具有较强的耐盐碱能力,这可能是由于长期的盐碱、干旱、低温的地区环境长期驯化的结果。所有供试菌株在74%的相似水平上聚在一起。在92.4%的相似水平上,绝大多数菌株能够按照种的不同彼此很好的分开,主要分为6个表观群,其中群Ⅲ,群Ⅵ没有与已知参比菌株聚在一起,可能是是潜在的新种或属。在16S rDNA PCR-RFLP分析结果的基础上选取有代表性的菌株进行16S rDNA全序列系统发育地位分析,揭示供试根瘤菌代表菌株的系统发育关系。这些菌株分布在中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)与土壤杆菌属(Agrobacterium)的系统发育分支上。其中分离自甘肃的5株以CCNWGS0011和CCNWGS0010-1为代表的根瘤菌构成独立的分支,可能为潜在的新种;菌株CCNWGS0022首次与从法国菜豆根瘤菌中确定的新种R. giardinii聚在一起,相似性为98.9%,可能为Rhizobium属中不同于其它已知种的新种;以CCNWGS0021-2为代表的2株分离自披针叶黄华的根瘤菌构成一个独立的分支,它们与根瘤菌目橙单胞菌科橙单胞菌属(Aurantimonas)中首株从土壤中分离得到的新种Aurantimonas altamirensis S21BT的相似性较高,达到99.6%,全序列相差5个碱基,目前尚未有人从根瘤中分离出橙单胞菌属菌。利用PCR-RFLP技术对黄华属根瘤菌的nodA和nifH基因片段进行研究,发现来自中慢生根瘤菌属、中华根瘤菌属、根瘤菌属系统发育分支的菌株都得到了nodA PCR扩增产物和nifH PCR扩增产物,而来自土壤杆菌属系统发育分支的的7株供试菌株都没有得到nodA PCR扩增产物和nifH PCR扩增产物。以供试菌株的nodA和nifH基因全序列构建系统发育树,结果表明,黄华属根瘤菌具有很大的结瘤基因(nodA)和固氮基因(nifH)遗传多样性,具有10种不同的16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型的28株黄华属根瘤菌具有8种不同的nodA PCR-RFL P遗传图谱类型和9种不同的nifH PCR-RFLP遗传图谱类型。来自S. meliloti的具有相同的16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型的10株菌具有3种不同的nodA PCR-RFLP遗传图谱类型和3种不同的nifH PCR-RFLP遗传图谱类型;而来自独立分支的以CCNWGS0011和CCNWGS0010-1为代表的4株根瘤菌,不但具有相同的16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型,而且具有相同的nifH PCR-RFLP遗传图谱类型。此外,来自不同种的具有不同16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型的菌株却具有相同的nodA和nifH PCR-RFLP PCR-RFLP遗传图谱类型,这说明nodA基因和nifH基因可能在根瘤菌的不同种间发生了水平转移。