日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）是我国重要的经济养殖品种，广泛分布于印度—西太平洋海域，在我国的东海和南海均有分布。Tsio et al(2005)根据头胸甲斑纹的形态特征将日本囊对虾分为2种不同形态变异类型，头胸甲侧面的斑纹延伸至头部腹面的为形态变异类型Ⅰ，头胸甲侧面的斑纹延伸至头胸甲侧面中部的为形态变异类型Ⅱ。形态变异类型Ⅰ主要分布在日本海、中国东海和南海北部，而形态变异类型Ⅱ则广泛分布于东南亚、地中海和澳大利亚。本文采集了浙江舟山(ZS)、福建厦门(XM)、广东惠来（HLQ及HLB）、广西北海(BH)和海南陵水(LS)6个群体2种形态变异类型的日本囊对虾，分别从DNA分子水平和形态水平探讨我国沿海6个群体2种形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性和形态差异。主要结果如下:　　 (1)以浙江舟山、福建厦门、广东惠来、海南陵水和广西北海6个群体2种形态变异类型的日本囊对虾为实验对象，用9对微卫星引物对其进行遗传分析，探讨了日本囊对虾的种质资源状况。结果表明:9个位点在6个日本囊对虾群体中均为高度多态(PIC＞0.5)，共检测出235个等位基因;6个群体平均等位基因数在13.2-17.7; PIC平均值在0.8512-0.9035;平均观测杂合度（Ho）在0.7296-0.7889，平均期望杂合度（He）在0.8805-0.9251;表明所检测的群体遗传多样性水平较高。Hardy-Weinberg平衡检测显示，6个群体普遍存在杂合子缺失现象。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明，遗传变异6.94％来自群体间，93.06％来自群体内。由ZS、XM和HLQ群体组成的形态变异类型Ⅰ与由HLB、LS和BH群体组成的形态变异类型Ⅱ之间的Fst均大于0.05，发生了中等程度的遗传分化;相同形态变异类型各群体间的Fst均小于0.05，遗传分化不显著。日本囊对虾群体间的遗传距离(DA)为0.1785-0.6218; UPGMA聚类分析表明，BH群体和LS群体遗传距离最小，亲缘关系最近，它们首先聚在一起，然后与HLB群体聚为一支;XM群体和HLQ群体先聚在一起，再与ZS群体聚为另一支，聚类关系符合距离隔离模式。　　 (2)通过测量日本囊对虾雌性亲虾Ⅲ-Ⅴ期性腺的性腺指数和肝胰腺指数以及体长、纳精囊长、宽、高等形态性状参数，应用多元分析方法对2种形态变异类型的日本囊对虾进行了比较分析。结果表明:2种形态变异类型日本囊对虾的性腺指数差异不显著，但肝胰腺指数差异显著;2种形态变异类型日本囊对虾的纳精囊形态差异显著;采用逐步判别的方法建立了识别2种形态变异类型雌性亲虾的判别函数，且判别正确率达89.7％。