中医学的整体观，体现在中医理论的各个层面，相互交叉，，相互渗透，具有明显的系统性特征，上下级系统之间存在能动作用关系，同级系统之间也存在能动作用关系，只有充分把握整体观念所具有的这些系统性及其规律，才能真正认识整体观念在中医理论中的指导性作用，才能完整地、科学地理解和掌握中医理论。 整体观念对中医理论的指导和影响，集中体现在藏象学说系统、病因病机学说系统、诊断学理论系统、治则治法学说系统四个大系统中，其中藏象学说系统又蕴含了阴阳互根分系统、形神统一分系统、内外统一分系统、天人相应分系统等四个分系统，构成了藏象学说特有的整体性、气化性、全息性特征；病因病机学说系统蕴含了病因理论和病机理论两个分系统，前者蕴含了宏观认识、强调联系、审证求因子系统，后者蕴含了阴阳失调、脏腑病机子系统；诊断学理论系统蕴含了现证分析、四诊合参、动态诊察分系统；治则治法学说系统蕴含了调整阴阳、扶正祛邪、标本缓急、三因制宜分系统。在这些系统中，整体观念的体现既有普遍性，这就是整体观念普遍存在，“无器不有”，而且普遍发挥着主导性作用，又有其特殊性，不同系统中整体观念的表现形式不同，从而构成了具有明显的系统性特征的整体认识论体系。