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猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)是引起母猪严重的繁殖障碍、仔猪和育肥猪的呼吸障碍的重要病原,其疫苗免疫效果尚不理想,严重影响世界养猪业持续健康发展。PRRSV属于RNA病毒,可引起持续感染,病毒基因容易变异。该病毒多次传入我国并引起猪群发病和流行,2006年我国出现高致病性PRRSV。虽然已逐步推广使用PRRSV活疫苗,但至今疫情尚不稳定。PRRSV疫苗毒株是否存在基因重组、突变和毒力返强等情况尚不十分清楚。本研究2015年采集我国16个省份72个发病猪场293份患病仔猪样品,通过PRRSV RT-PCR检测、流行毒株全基因组测定及PRRSV流行病学数据库大数据分析,首次发现我国出现高致病性PRRSV JXA1-R疫苗样毒株流行,目前存在4个亚系的美洲型流行毒株及欧洲型PRRSV,为我国该病防控提供了理论基础。研究具体内容如下:1.猪繁殖与呼吸综合征病毒监到和临床疫情的诊断本研究于2015年收集了我国16个省份72个发病猪场293份患病仔猪肺脏病料,采用RT-PCR和PCR方法检测美洲型和欧洲型PRRSV、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)和猪伪狂犬病毒(PRV)等,结果显示,PRRSV阳性率39.93%(117/293),其中,8份病料为欧洲型PRRSV阳性。选择24个PRRSV PCR检测阳性并具有严重呼吸道疾病的发病猪场,临床病理观察结果显示,发病猪群临床症状主要表现仔猪高烧、持续发热、呼吸困难、耳鼻发蓝、皮疹红斑、耳背有出血点、食欲减退等症状。病理变化主要为:肺脏增生、水肿、充血,淋巴结严重出血等,采用PRRSV抗体免疫组化检测病猪肺脏组织,均存在明显PRRSV抗原,确诊为PRRS,为PRRSV流行毒株遗传变异研究提供了有用材料。2.猪繁殖与呼吸综合征病毒基因变异与JXA1-R疫苗样流行毒株分子特征选择24个猪场28个PRRSV流行毒株进行全基因组测序,并下载GenBank中623个PRRSV毒株基因组序列进行大数据分析,发现28个毒株主要分布于亚系10.5(经典HP-PRRSV)、亚系10.6(2009-2010 HP-PRRSV样毒株及重组毒株)、亚系10.7(潜在疫苗JXA1-R样毒株)和谱系9(NADC30样毒株及其重组毒株),证明国内存在不同基因型的PRRSV。首次发现我国存在44个JXA1-R疫苗样毒株,包括本研究测定的 10 个毒株(15ZJ2、15ZJ3、15HUN3、15LN2、15JX2、15JX3、15JX4、15HEN3、15SC1和15SC2)及GenBank数据库中的34个毒株。JXA1-R疫苗样毒株与JXA1-R疫苗毒株的同源性大于99%,分布于我国16个省市,最早出现时间是2010年。重组分析发现了本研究的28个毒株中的9个毒株和其他实验室的1个毒株为疫苗JXA1-R和流行毒株之间的复杂重组,包括谱系内重组、谱系间重组、谱系内和谱系间重组,如15GD2、15GD3、15HUN1、15HUN2和10FS1-GD毒株为疫苗JXA1-R(亚系10.7)和2009-2010年HP-PRRSV(亚系10.6)之间谱系内重组;15JX1、15HEN1、15SC3 为 JXA1-R 和 NADC30(谱系9)之间的谱系间重组;15HEB1、15LN3则为JXA1-R、2009-2010 HP-PRRSV、NADC30之间的谱系间及谱系内重组。重组位点主要位于Nsp2和Nsp9基因。来源于发病严重猪群的JXA1-R疫苗样毒株15HUN3和JXA1-R疫苗毒株相比,该毒株有70个碱基的突变,30个氨基酸的突变。其中Nsp8(1.5%)和ORF5(1.2%)的碱基突变率最高,GP5的氨基酸突变率最高(2.5%)。这些核酸和氨基酸的突变可能和疫苗样毒株15HUN3的毒力返强相关。以上研究为该病防控提供了理论依据。3.欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株遗传变异分析本研究从上述8份欧洲型PRRSV阳性病料中,选择1个来源于一个发病严重猪群的一株病毒15HEN1_EU,进行病毒全基因组测序分析,结果显示,该毒株长15092 bp。基因进化树分析结果显示,15HEN1 EU与国内流行毒株BJEU06-1最接近,同属于欧洲型亚系1.3。和其他欧洲型毒株相比,15HEN1 EU存在多处的缺失、插入和突变。15HEN1 EU在Nsp2区域有5个不连续氨基酸序列缺失和1个独特的氨基酸插入,在GP3和GP4区域各有一个氨基酸的缺失;15HEN1 EU在UTR、Nsp2、GP3、GP4、GP5、N蛋白等多个区域均有突变。重组分析结果为:15HEN1 EU并非重组毒株,NVDC-NM1-2011、NVDC-FJ、NVDC-NM2、NVDC-NM3、HLJB1等5个我国分离的欧洲型PRRSV毒株均为重组毒株,丰富了 PRRSV流行病学数据资料。