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目的:揭示新疆北疆地区发酵乳制品中Enterococcus spp.种群的分布与遗传结构差异;为了解进一步开发肠球菌及代谢产物作为天然的生物保鲜剂、人类药物和动物饲料益生制剂的研发提供一定的参考依据。方法:采用四种培养基大量分离样品中肠球菌(enterococci),使用属种特异引物扩增鉴定到种的水平,确定其种群分布;采用rep-PCR分子指纹图谱技术、16S r RNA基因、rpo A和phe S功能基因序列分析与构建相应的系统发育树,分析Enterococcus spp.种群的遗传多样性;再通过检测万古霉素抗性基因进一步分析其遗传结构差异。结论:1.从97份样品中共分离出1016株enterococci,分属五个菌种,Enterococcus durans 406株(39.9%)、Enterococcus faecalis 431株(42.3%)、173株Enterococcus faecium(17.2%)、4株Enterococcus gilvus(0.4%)和2株Enterococcus hirae(0.2%),经rep-PCR指纹图谱聚类划分为47种带型,挑选具有代表性的91株enterococci采用16S r RNA基因测序技术进行鉴定。从中挑选47株代表菌株构建系统发育树,聚类划分为三个类群,E.faecium和E.durans构成了Group 1,E.faecalis和E.gilvus分别构成了Group 2和Group 3,16S r RNA基因序列并不能很好地区分E.faecium和E.durans。2.扩增rpoA基因和pheS基因分别构建系统发育树,通过对比rpoA基因、pheS基因序列和16S r DNA序列构建的系统发育树,rpo A基因和phe S基因序列的区分能力明显大于16S r DNA序列,enterococci种间的遗传差异也更明显。rpo A基因和phe S基因相比,phe S基因序列分析对于区分种间菌种的能力更强。3.47株代表菌株通过多重PCR检测万古霉素抗性基因,其中27株enterococci检测显示为阳性,包括4种基因型,19株属于van C2/C3型,大多为E.durans,4株属于van C1型,2株E.faecium为van B型,4株E.faecium检测到van A基因,种间差异明显。E.durans JHEJ1-M-2和E.faecium ALTMN1-R-2携带有两种基因,JHEJ1-M-2含有van C1和van C2/C3,ALTMN1-R-2中存在van A和van C2/C3两种基因,预示着其与其它菌株的遗传结构相差较大。