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为探讨野生种群日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)遗传分化和改良遗传育种,应用AFLP和SSR技术对我国福建厦门(XM)、广东湛江(ZJ)、广西北海(BH)和海南海口(HN)四个地区野生日本囊对虾进行遗传多样性的研究。主要研究结果如下:1.本实验利用筛选的10对AFLP选择性扩增引物和10对SSR引物对日本囊对虾的遗传结构进行研究。10对AFLP引物在四个群体中共扩增出196个位点,其中有102个多态性位点,多态比例为52.04 %;10对SSR引物共扩增出了42个等位基因,平均每对引物扩增出了4.2个等位基因。两种标记的实验结果都表明四个群体均具有较高的多态性,并且SSR检测到的的遗传变异明显高于AFLP标记的检测结果。两种标记检测到的平均有效等位基因数Ne分别为1.2734(AFLP)和3.087(SSR)。AFLP检测到的杂合度Nei指数H分布在0.1649-0.1788之间,SSR检测到的平均观测杂合度Ho分布在0.4492-0.6243之间,平均期望杂合度He分布在0.5275-0.7193之间。2. SSR标记检测出来的有效等位基因数Ne、Shannon’s指数等遗传变异参数明显高于AFLP技术的结果。两种方法所得的结果虽有些差别,但它们所得的四个群体的遗传多样性均以XM群体最高,且两种方法所得的聚类分析结果是一致的,即日本囊对虾四个地理群体划分为BH和XM、ZJ和HN两个组别。两个组别中,ZJ和HN聚为一支,再与XM聚在一起,最后与遗传距离最远的BH群体聚合在一起。这与四个群体的地理位置是相符的。3. AFLP和SSR在四个群体中检测的遗传多样性指标都显示,日本囊对虾的遗传多样性较丰富,不同地区的野生种群存在地理上的遗传变异,各群体间表现为一定程度的分化。因此,在渔业生产中,要制定一系列合理的管理措施,尽可能的维持日本囊对虾的变异水平,维持种群的自然繁殖力,以及生物资源的可持续开发与利用。