生态环境保护督察是为推动生态文明建设和加强生态环境保护工作而采取的一项重大改革举措和重大制度安排。通过以L省X市进行的146个生态环境保护督察案件为研究对象,对督察制度实施的全过程进行了统计和分析。同时,通过文献查阅、案例分析、实地勘验等方式,对督察的主体、程序、整改制度、问责制度进行了规范分析,发现该制度实施过程中存在以下问题:一是督察主体缺乏法律地位,督察组和被督察对象的组织机构松散以及职责范围不清。二是督察程序体系性不强,与其他环保督察执法程序存在交叉重叠,与司法程序衔接不畅。三是整改依据不清,整改效果参差不齐。四是追责工作中对环境责任定位不清,党政追责失范,缺乏免责机制等。鉴于生态环境保护督察制度的实践已有五年时间,但在立法方面相对滞后,仅有一部党内法规作为依据。结合上述调研中发现的问题,相应的提出四项完善建议:一是实现生态环境保护督察主体的法制化,通过立法的方式赋予中央、省级督察组独立的法律地位,使其能够融入现有的法律体系中开展督察,提升督察制度的合法性。相应的,要为被督察对象建立工作平台,形成结构完整的督察系统。二是优化生态环境保护督察的程序,通过弥补现有程序和权责的不足,明确生态环境保护督察程序与其他环保执法检查程序的关系,强化与司法程序的衔接,建立健全异议和救济程序,并形成以生态环境保护督察为核心的体系化执法检查制度。三是强化生态环境保护督察的整改落实,将科学评价制度引入整改过程当中,强化环境质量标准在整改过程中的运用,构建事前评估、事中跟踪、事后评价的完整程序。同时,加大公众参与力度,形成全社会共治的体系。四是规范生态环境保护督察的责任追究,从程序上引入案件分流机制,捋顺民事责任、行政责任、刑事责任在生态环境保护督察中的应用,适时推广新型环境责任的示范适用。建议,对党政责任一方面要从严追究,另一方面也要建立健全必要的尽职免责机制,运用制度设计来调和实践中的矛盾问题。